棘托竹荪是一种美味可口的食用真菌，具有重要的营养和经济价值。目前该菌已经能够成功栽培，然而与其它作物一样，棘托竹荪栽培也遇到“连作障碍”问题的困扰。已有研究表明，作物发生连作障碍的主要原因在于土壤，微生物是土壤中的主要生物，在其中起至关重要的作用。本研究连续三年采集种植棘托竹荪和对照样方土样并提取土壤DNA，利用Hiseq高通量测序技术对棘托竹荪样地土壤进行多样性分析，旨在了解棘托竹荪连作对土壤细菌多样性及其群落结构的影响;并通过宏基因组研究，了解种植棘托竹荪对土壤微生物功能基因的影响，探讨种植棘托竹荪对土壤信号转导系统和土壤碳、氮循环的影响，揭示棘托竹荪连作障碍的原因。为发展林下经济，拟在流溪河生态公益林下种植棘托竹荪，本研究还探讨了流溪河生态公益林下不同密度林分类型土壤细菌的多样性，以期为棘托竹荪在林下栽培选择合适的林分类型，为林下栽培竹荪及其他食用菌提供理论指导和借鉴。主要结论如下:　　1.种植棘托竹荪后，土壤的理化性质相比对照组有明显改变，土壤细菌的Chao1指数、ACE指数、Shannon指数明显高于对照组，细菌在门、科、属水平的分析结果表明，种植棘托竹荪后细菌的群落结构、多样性及物种种类发生了明显改变，说明棘托竹荪连作能够影响土壤细菌的群落结构及多样性。　　2.种植棘托竹荪后，土壤中功能基因丰度发生改变，特别是参与信号转导、甲烷代谢、氮代谢等过程的酶基因丰度增加，表明棘托竹荪的种植能够改变土壤功能。　　3.流溪河生态公益林土壤细菌在不同密度林分类型下，其多样性及其丰度有较大差异，分析结果表明，中密度林分多样性及其丰富度最高，最适合细菌繁衍生息。