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近年来随着南瓜的经济价值越来越被人们所重视，南瓜栽培面积不断扩大，南瓜病毒病危害日益加重，特别在高温干旱年份发病尤为严重，给南瓜的生产造成严重的经济损失。病毒病可以通过蚜虫以及机械方式传播，药剂防治成本高、效果差，并且污染果实和环境。因此培育抗病品种被认为是最有效、可持续发展且对环境无污染的途径。深入了解抗病毒病基因的遗传机制，找出遗传模式的信息，并能将抗病基因导入优良品种或通过对抗病品种的筛选采用杂交方式培育出优良品种是很有必要的。而分子标记技术是抗性基因筛选和鉴定的最有用工具之一。本研究以美洲南瓜（Cucurbita pepo）抗病自交系‘0504’与感病自交系‘0223’杂交后自交所得的F2代分离群体为材料，采用分离群体分析法（Bulkedsegregant Analysis， BSA），筛选与南瓜病毒病抗性基因连锁的SSR分子标记，进行分子标记辅助育种。主要结果如下：（1）采用RT-PCR方法鉴定南瓜病毒病的病原。根据已经报道的南瓜病毒外壳蛋白基因序列设计合成引物，以感病叶片和健康叶片总RNA为模板，进行cDNA合成和PCR扩增。从感病叶片中扩增出约800bp左右的特异性片段而健康叶片无此扩增产物，对目标特异性片段进行测序，在Genbank上进行核酸和氨基酸序列的比对分析，与西瓜花叶病毒-2号（WMV-2）的外壳蛋白基因序列的核苷酸序列同源性达95%，确定该南瓜病毒为WMV-2。（2）采用常规接种方法对父母本、F1和F2群体进行人工接种鉴定，结果显示，F1代全部发病，在157株F2代植株中，有36株表现为抗病，121株表现为感病，经过卡方检测F2对该病毒的抗性分离情况基本上符合1:3的分离比例。推测美洲南瓜对WMV-2抗性为隐性单基因控制。（3）利用适合南瓜的SSR分子标记反应体系，从352对来自于南瓜基因组的SSR引物对筛选出114对在双亲间表现出多态性的引物，多态性为32.4%；从60对与南瓜近缘的黄瓜SSR引物筛选出5对在双亲间表现出多态性的引物，多态性为8%。（4）从F2代分离群体中选用高抗和高感的单株各10株分别构成抗感基因池。利用SSR标记和BSA法，从在亲本间具有多态性的119对SSR引物中找到两个与南瓜WMV-2抗性相关基因相连锁的标记（CMTm158和CMTm157），这两个标记通过对F2单株进行验证，检测F2抗病单株的基因型。基因型鉴定结果：引物CMTm157与抗病基因间存在17株重组体，其中14株扩增出杂合体带型，3株为感病带型；引物CMTm158共鉴定出10株重组体，其中6株为杂合带型，3株为感病带型，1株缺失。上述两个标记与南瓜WMV-2抗性相关基因的遗传连锁距离分别为6.2cM和10.9cM。