近年来,信息技术大量应用于社会的各个方面,作为经济的加速器、润滑剂、增倍器的金融系统,其运行和发展受到信息技术的更大、更广泛的影响。为促进我国金融业的发展,中央银行从2003年起进行第一代支付清算系统的建设,向社会和金融企业提供公益性、公平性的金融信息支付平台；随着时间的推移,第一代支付清算系统性能和功能已不能适应市场和社会需求,2010年中央银行开始进行第二代支付清算系统的建设。第二代支付清算系统项目是自上而下实施的,省级支行起到承上启下的作用。项目实施过程中由于信息不全、沟通不足、风险意识缺乏等原因,产生大量的项目风险；这些风险和支付清算系统在建设和使用上的公益性和政策性、绩效评价的特殊性以及其自身的重要性,要求对省级项目实施进行风险管理。本文以项目风险理论、公共项目理论和信息系统理论为基础,研究两代支付清算系统的特点,发现项目实施过程和项目实施对象两个风险产生的维度,并基于这两个维度,采用实践调查法和定性分析法进行风险识别、分析和应对；从项目风险影响的类型入手,分类获取风险等级值,充分考虑影响项目实施的要素,保证对风险的识别的准确,掌握系统关键风险点和风险位置；通过定量分析法,获取风险权重分布,为风险管理和风险应对提供数据基础。本文研究发现管理风险是系统实施的主要和基础的风险,从基础进行风险应对,可以提高风险应对的效率,并从根本上消除和应对风险,因此需要调整造成风险的管理机制,在现有的公共管理体系架构下建立常设的风险管理机构,进行常态化风险管理,充分利用现代化的信息技术,管理资源,提高沟通效率和准确性。