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扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP)是RFLP与PCR技术相结合的一种分子标记技术,具有灵敏性高、快速、多态性检出率高和可重复性好等优点。目前在小麦种质资源的遗传多样性检测、遗传作图与基因克隆表达、基因分子标记与定位等研究领域中得到了广泛应用。在现代农业中,普通小麦品种遗传基础狭窄,遗传差异变小,遗传多样性丢失比较严重。遗传多样性的丢失不仅使普通小麦对生物性和非生物性的环境胁迫变得脆弱,同时也限制了小麦产量的大幅度提高和品质的进一步改良。为提高普通小麦的产量和抗性,改良其遗传背景十分必要。华山新麦草(Psathyrostachys huashanica Keng ex Kuo,2n=2x=14, NsNs)是小麦重要野生近缘植物之一,属于小麦的三级基因库资源,具有许多优良性状,是普通小麦遗传改良最有利用价值的外源物种之一。利用普通小麦J-11与华山新麦草杂交并染色体加倍获得的人工合成双二倍体(PHW-SA)材料能够作为华山新麦草外源遗传物质向普通小麦转移的桥梁,服务于小麦育种,因而进一步了解PHW-SA材料的遗传多态性十分必要。本研究对J-11、华山新麦草及PHW-SA进行AFLP标记的多态性分析,了解PHW-SA发生的遗传和变异。同时对PHW-SA和华山新麦草中Ns染色体特异AFLP条带进行回收、克隆和测序,讨论远缘杂交材料中外源遗传物质的变化,为后期Ns染色体特异标记开发提供基础理论依据。其主要结果如下：1.在供试材料中,195对引物共扩增出标记17726条,平均每对引物扩增出标记90.9条,其中在J-11、华山新麦草和PHW-SA中分别扩增出5136、3953和5637条,占总标记的29.0%、22.3%和31.8%。J-11、华山新麦草和PHW-SA相同标记有1715条,分别占J-11、华山新麦草和PHW-SA,总标记的33.4%、43.4%和30.4%。结果表明,AFLP引物在三种材料中扩增出的标记比率变化不大。2.在AFLP标记的多态性上,J-11比PHW-SA具有更丰富的遗传多态性。PHW-SA与J-11特有相同标记2484条,分别占PHW-SA和J-11总扩增标记的44.1%和48.4%。81.8%的J-11多态性标记存在于PHW-SA中。3. PHW-SA与华山新麦草特有相同标记246条,分别占PHW-SA和华山新麦草总标记的4.4%和6.2%,49.6%的华山新麦草多态性标记存在于PHW-SA中。4.缺失双亲共有标记66条,分别占J-11、华山新麦草和PHW-SA,总标记的1.3%、1.7%和1.2%。PHW-SA特有标记232条,占PHW-SA总扩增标记的4.1%。结果表明,PHW-SA在合成过程中基因组发生了迅速变化。5.从492份PHW-SA和华山新麦草的Ns染色体特异AFLP标记回收69对DNA片段,成功克隆测序52对片段,经NCBI数据库比对,PHW-SA与华山新麦草Ns染色体完全相同片段只有6对,占总测序片段11.5%。综上,华山新麦草中Ns染色体在转移至PHW-SA过程中发生了较大的遗传变异,八倍体材料PHW-SA在异源多倍化过程中Ns染色体发生“剧烈”适应性变化。