杀菌活性小分子的类农药性与cation-pi相互作用分析及数据库构建

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农作物产量受真菌细菌类病害影响巨大,同时滥用杀菌剂导致抗药性增强,因此人们对高效低毒杀菌剂的需求日益增强。在杀菌剂新农药的创制过程中,综合考虑杀菌活性小分子的类农药性与cation-pi相互作用对提高新农药研发效率有极大帮助。在传统的杀菌剂发现过程中,化合物欠合理的理化性质会导致较差的溶解性或渗透性,致使大多数杀菌剂先导化合物在开发后期失败。杀菌活性小分子的类农药性评估方法会克服上述障碍,推动高效杀菌剂的发现。于是我们开发了一个免费的杀菌活性小分子的类农药性在线打分平台 FungiPAD(Fungicides Physicochemical-properties Analysis Database,http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/database/FungiPAD/),此平台不仅能根据定性评价与定量评价方法对杀菌活性小分子的类农药性进行快速评估,也能计算分子与杀菌活性小分子的类农药性有关的物理化学性质。FungiPAD平台对已上市的377种杀菌剂基本信息均有展示,同时包括了杀菌剂的总共16000多种物理化学性质和3300多种杀菌活性小分子的类农药性打分,是首个结合物理化学性质分布,杀菌活性小分子的类农药性的定性和定量评估的在线网络工具。cation-pi是一种重要的分子间非共价相互作用,广泛存在于有机化合物、生物大分子内。对于蛋白-配体,根据π体系的不同提供者可对cation-pi进一步分类为cation-pi与pi-cation相互作用,我们前期研究发现pi-cation体系的溶剂化能小于cation-pi,在本工作中继续计算了它们的一部分物理化学性质并比较,进一步证明了引入pi-cation对药物设计的积极作用。对于蛋白-蛋白界面,不存在哪一者提供π体系的问题,因此统称为cation-pi相互作用,我们收集了25888个存在于蛋白-蛋白界面上的cation-pi相互作用体系。最后我们搭建了数据库CIPDB(Cation-πInteraction in Protein Data Bank,http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/database/Cation-pi/)此数据库信息全面,包含蛋白-配体、蛋白-蛋白间与cation-pi、pi-cation相关的描述符信息、蛋白信息、配体小分子信息等,CIPDB关注到在药物设计中常常被人们忽视的cation-pi和pi-cation相互作用,同时方便研究cation-pi或pi-cation相互作用的科研工作者的信息查阅。我们通过上述研究发现,通过评估杀菌活性小分子的类农药性、cation-pi相互作用可为新型杀菌剂的创制提供参考;同时在新农药创制中可充分利用现代计算机集群技术,我们搭建的FungiPAD服务器与cation-pi相互作用数据库可提供全面的信息,对新农药设计工作提供帮助,大大缩短了计算所需要的时间。
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