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本论文综述了根瘤菌分类和系统发育研究进展及有关研究方法；采用数值分类、16SrDNAPCR-RFLP分析、BOX-PCR指纹图谱分析、16SrDNA序列分析、DNAG+Cmol％测定和DNA-DNA同源性分析等多相分类技术，对分离自我国5个省岩黄芪9个不同种的30株根瘤菌和分离自安徽、四川百脉根2个不同种的12株根瘤菌进行了系统的多相分类研究。
数值分类的结果表明，供试未知菌株在83％的相似性水平上可为6个表观群。群1～4为快生菌群，群1、群2、群4分别与Sinorhizobium、Agrobacterium和Rhizobium参比菌株聚在一起，群3中没有所选参比菌株；群5为慢生菌群，与Bradyrhizobium参比菌株聚在一起；群6为中慢生菌群，其中没有所选参比菌株。16SrDNAPCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的聚类结果与数值分类的聚类结果总体上比较一致，BOX-PCR指纹图谱分析聚群的总体相似性水平较低，更适合用于种内菌株的遗传多样性研究。对数值分类中群6中心菌株CCBAU61009进行了16SrDNA全序列分析，结果表明：这群菌株与Mesorhizobiumamorphae的系统发育关系最近。
DNAG+Cmol％和DNA-DNA同源性分析结果表明，群1属于Sinorhizobiumfredii，群6属于Mesorhizobiumamorphae。数值分类的研究结果表明，我国中西部地区岩黄芪根瘤菌对碳源、氮源的利用范围很广，具有很强的抗逆性。这些表型和遗传型多样性丰富的菌株为我国西部大开发中更好的利用豆科植物提供了种质资源和理论依据。