水稻育种工作的成败取决于调控水稻优良农艺性状基因资源的开发和利用，其中矮源基因的挖掘和鉴定对于水稻改良尤其重要，现阶段水稻改良重要任务之一就是建立丰富的矮源基因库，为杂交组合提高多样性的矮源，培育出能适应各种不同生长环境的水稻品种来。矮秆突变的分子机制的研究对于理解水稻生长、发育具有重要的意义，能为遗传育种提供理论指导方法。本研究以在田间人工杂交过程中发现的自然突变体潇湘矮（xxa）为本实验的材料，该突变体具有矮秆、小粒、暗绿叶的突变性状。利用xxa与半矮秆的日本晴杂交产生的矮秆和半矮秆1∶3分离的F2群体对控制xxa矮秆基因进行精细定位。据文献报道高秆品种与潇湘矮杂交的出现9:6:1的分离群体，经过图位克隆发现，xxa含有半矮秆基因sd-l和未知的矮秆基因对赤霉素(GA3)敏感性分析实验显示，xxa对GA3敏感，证实了xxa带有sd-l(为编码GA20氧化酶)。初步定位在水稻第5号染色体的SSR标记RM18408和RM18457之间，大约2.5cM的片段内，并将该基因被命名为xxa。精细定位在两个indel标记F81和indel标记F85之间大约70kb的区域内，并预测突变基因，通过基因测序证实xxa位点存在三个碱基的缺失突变和并通过实时定量PCR分析该基因XXA在NIL(NIP)中的表达情况。