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R&D投资活动对于加快技术创新，增强企业活力，促进国民经济持续、快速、健康发展具有十分重大的意义。R&D投资活动的推动和发展不仅仅需要足够的资金投入，而且还需要有恰当的项目评价和选择方法作为保障。 本文首先比较了R&D项目投资与传统项目投资的不同，说明以净现值为代表的传统贴现现金流方法不能全面发掘R&D项目的战略价值，并针对R&D项目投资高度不确定性和多阶段的特点，指出了实物期权方法的适用性。接着引入案例——制药甲厂A药品研发项目，传统的净现值方法由于其固有的局限性使制药甲厂管理层在运用该法评价A药品研发项目时陷入了决策误区。针对净现值方法的缺陷，结合实物期权相关理论，文章提出了包括期权识别和期权价值计算在内的R&D项目实物期权评价框架，指出R&D项目价值是传统净现值方法计算的价值与项目所含期权价值之和。以此框架为比照，文章重新对A药品R&D项目进行了决策评估，指出A药品R&D项目中的期权为交换复合期权，分别选用连续时间的Margrabe交换期权、Carr交换复合期权定价公式以及离散状态的二叉树模型计算期权价值。加上期权价值后，原本在传统净现值方法中被放弃的A药品R&D项目重新得到了制药甲厂管理层的认可。 通过实物期权理论在制药甲厂A药品R&D项目投资决策中的运用，本文解决了运用传统净现值法无法决策的问题，修正了传统净现值方法的不足，对于改善和突破我国由于缺乏恰当的定量投资评价方法而抑制R&D投入进一步增长的现状具有重大的理论意义和现实意义。