古代DNA研究是八十年代中后期逐渐发展起来的新的研究领域，并涉及到人类学、考古学等多个学科。 本课题是我国首次利用古代DNA的研究解决历史“悬案”—契丹后裔是谁。我们以内蒙古赤峰地区考古发掘出的10例契丹标本的牙齿为材料，通过DNA提取、PCR和PCR产物克隆测序，得到了其中7例标本的一段105bp(16,190—16,294，顺序参照S.Anderson，1982，下同)和一段150bp(16,271—16,420)的线粒体D-loop区的序列。通过国际通用的古DNA“真实性标准”验证，证实这些序列来自7例契丹标本本身。同时我们也得到了56例达斡尔族、24例鄂温克族、20例蒙古族和105例汉族同一区域的序列。序列分析表明，在16,223、16,302、16,321和16,362四个位点上，这五个族群的碱基和单体型分布的频率有明显的差异，其中契丹与达斡尔具有最大的相似性。利用这五个族群的mtDNA这段序列建立的系统树表明，契丹与达斡尔具有最近的亲缘关系。 另外，我们利用Y染色体三个微卫星标记(DYS19、DYS390、DYS391)，对达斡尔、云南“本人”和汉族进行了多态性比较分析。结果表明，达斡尔与“本人”这三个位点的等位基因分布和频率在统计学上没有显著的差异；而汉族与“本人”、汉族与达斡尔则具有显著的差异。 因此，就我们所分析的几个族群而言，契丹与达斡尔具有最近的亲缘关系；而云南“本人”与达斡尔族有相似的父系起源，因而也确有可能是契丹的后裔。