新型农村合作医疗制度(简称新农合)是由政府组织、引导、支持,农民自愿参加,个人、集体和政府多方筹资、以大病统筹为主的农民医疗互助救济制度。该制度作为具有一种体现社会保险特性的农村医疗制度,可在很大程度上改善部分农民“因病致贫和因病返贫”的状况。新型农村合作医疗制度经近十年的试点运行,虽取得了一定成绩,但在某些方面却仍存在不足之处。政府作为新型农村合作医疗的制定者和供给者,在新农合中处于主导地位,承担着制度供给、财政支持、筹资和监管的多重责任,其作用不可取代。由于政府责任在新农合的实施中存在缺失,农民的利益得不到有效保障,因此通过不断的完善和优化政府在新农合中的路径选择使其更好的服务于农村居民显得尤为重要。本文简要介绍了合作医疗的概念,运用新农合公共产品的属性以及政府在新农合中的责任定位为理论依据,通过文献资料获得的关于新农合在全国的实施情况和笔者实地调研得到的河南省睢县新农合的第一手资料进行研究,重点分析政府在新农合中制度供给、财政投入、筹资机制和监管机制方面责任缺失的表现,以及政府责任缺失的原因。优化新农合制度中政府责任的路径选择,完善制度设计,加大政府在农村医疗领域内的财政转移支付力度,健全筹资机制和强化政府的服务监管职能,使政府担负起应有的责任。