生命科学的研究与生物技术的发展同步，近年来成效显著。构成生命过程的基本单元是生物体内的生物分子之间的复杂的相互作用，从分子水平上探究生命的本质即是对相应的生物分子间相互作用的表征。相互作用研究是现代高通量药物筛选的重要基础，而毛细管电泳是研究分子间相互作用的重要技术平台。 本论文着重以DNA分子参与的相互作用体系为出发点，将毛细管电泳应用到DNA和大分子(如蛋白质)、DNA和小分子(如药物)结合体系的表征。特别是进一步将毛细管电泳应用到了DNA对药物对映体的手性识别领域，首次采用毛细管电泳考察了DNA对非金属-有机络合物类手性药物的对映体选择性。在操作模式的选择上，考虑到现代高通量药物筛选过程中许多用作药靶的生物大分子稀有难得的实际状况，强化了对样品消耗量最少的区带毛细管电泳模式用于弱相互作用研究的可行性论证，在认识上突破了国际学术界传统上认为区带毛细管电泳只能用于考察强相互作用体系的观念。并以大分子一大分子、大分子—小分子两种实际体系，分别证明了区带毛细管电泳用于弱相互作用体系的可行性，因此，拓宽了毛细管电泳用于高通量大规模药物筛选的前景。