2008年国务院颁布了《国家知识产权战略纲要》,在纲要的第三部分明确的提出加强我国知识产权的司法保护。司法制度对知识产权的保护是知识产权发挥作用的重要支撑。通过长期的努力,我国已经初步形成了完善的知识产权法律制度,但是司法实践中,特别是诉讼程序存在很多问题,与国际上一些知识产权制度先进的国家存在差距。可以明确的得出结论,就是我国专利诉讼程序存在着权力冲突,法制不统一,诉讼不稳定,诉讼成本过高等多种问题。这种种问题是由整个知识产权诉讼法律制度内部不协调以及不适应国内社会的发展趋势造成的。通过对我国专利诉讼所涉及到的各方面的程序制度的分析,包括,司法主体的组织结构分析,诉讼程序的结构分析,详细探析我国专利诉讼的法律实践运作,分析得出我国的专利诉讼所存在的问题。专利诉讼中,是知识产权司法保护的重要环节。在我国专利诉讼,其主管和管辖制度都有其特殊规定。因为主管和管辖的问题,我国专利诉讼程序存在许多问题。而在美国、德国等国家中,其对专利诉讼的主管和管辖也有其特别规定,并且有其优势和劣势。通过分析我们国家专利诉讼的主管和管辖问题,结合比较这两个国家的制度安排,我们国家可以有效借鉴这两个国家的专利诉讼制度,建立符合我国国情的专利诉讼制度。改革专利诉讼的主管和管辖制度,相应的改变我国专利诉讼的其他关联制度。有效促进我国专利诉讼的公平与效率。