自然人股权转让是公司自然人股东依法将自身享有的股权转让给他人的民事法律行为。在现代市场经济中,市场主体自主交易股权资产已是一种重要交易行为。在税法视野中,自然人股权转让行为更是一种重要应税行为。自然人股权转让所得税是个税的重要组成部分。完善自然人股权转让所得税的征管,不但能够调整高收入群体与普通群体之间的收益差距,增加国家财政收入,也是优化我国税收结构的一个重要内容。近年来,个人股权转让交易占据交易市场份额比例的提高,带来的股权转让税收体量也逐年增大。然而,由于自然人股权转让行为的隐蔽性、交易主体的多样性等特点,使得该交易行为发生的时间及数量很难为税务主管部门所掌握,给税收征管带来了一定的困难。加上,我国股权转让个人所得税法律制度仍存在不完善之处,导致该领域相当一部分税款流失。我国一直重视自然人股权转让行为的税收征管立法工作。早在1993年,《个人所得税法》就将“股权转让”列入个人所得税的应税范围。2018年又进一步确定股权变更必须完税的前置性程序。但总的来说,这一领域的立法还存在体系内容结构不合理问题。首先是股权转让个人所得税制度的立法问题。如股权转让所得税制度的依附立法、国税67号文中授权性规定过多、其他规范性文件内容繁杂、立法等级较低等问题。其次是税务机关征管实践中存在的法律问题。如股权转让中的“所得”、“合理税费”“正当理由”尚未细化;对赌协议、阴阳合同所涉股权转让所得税尚未进行有效规制等问题。产生上述问题的原因是多方面的。有立法体制上的问题,如授权立法过多,立法质量不高等问题,也有征管执法理念落后问题,不重视这一领域的税收征管工作问题。由于上述问题的存在,客观上妨碍了自然人股权转让所得税征管,不利于税务机关依法行政,不利于构建和谐的税收征纳关系。从长远看,不利于依法治国,不利于个人所得税制改革目标的实现。因此,我们应该针对征管实际存在问题,以新《个人所得税法》确立的综合和分类相结合的改革模式为导向,积极采取对策。首先,重点完善我国《个人所得税法》中自然人股权转让所得制度设计。通过修改《个人所得税法》相关条款,将股权转让所得单列为应税项目,改变当前依附立法的局面,凸显自然人股权转让个税制度自身的特点。通过梳理规章、其他规范性文件,理清税务机关权责范围,提高股权转让个税制度的立法等级,让税收公平原则在股权转让个税法律制度中得到充分体现。其次,通过明晰“所得”与“合理税费”的范围,合理划定税务机关征税权力的边界。明晰“正当理由”的认定依据,使之既符合国家税收期望实现“应收尽收”的目标,也符合纳税人对税务机关的公正评价。由第三方资产评估机构核定股权原值,有利于提升税收行政行为的公信力。其三,完善四类特殊股权转让行为所得税征管制度。以实质课税原则揭开阴阳合同的面纱,从量能课税角度征管隐名股东股权转让的所得税,完善对赌协议下的股权转让所得税征管,加强对外籍自然人股权转让行为的征管。最后,提高税务机构自然人股权转让个人所得税的征管能力。通过加强和提高征管的信息化程度,优化代扣代缴制度,构建科学合理的股权转让税收管理系统,明确税务机关的权责清单,完善行政与司法的衔接机制等方式,提高税务机关的征管能力。