应用ABEEM/MM模型研究二肽构象的性质

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多肽分子在许多生物过程中都起着重要的作用,它的气态和在溶液中的构象一直是人们要探究的关键问题之一。通过NMR等实验手段能够为我们提供某些相关的信息,但并不足以满足我们的需求。计算化学的模拟已经成为一个重要的工具,其模拟的结果很大程度上取决于所采用的分子力场的优劣。目前广泛使用的力场都存在着一个重要的缺陷,在模拟中忽略了体系的静电极化和电子转移。另外,应该加入化学键、孤对电子和π电子区域,来更加准确的计算静电势能,而不是只采用原子中心净电荷。因此许多科学家在不断努力探索和发展新的分子力场,来有效合理的计算体系随环境变化而引起的静电极化。依据电负性均衡原理,由杨等人建立的原子-键电负性均衡方法,用以计算有机大分子和生物分子的电荷分布,近年来引人关注。该模型符合极化力场的要求,杨等人据此建立了应用于模拟蛋白质体系的浮动电荷力场(原子-键电负性均衡方法与力场相结合模型),即ABEEM/MM分子力场。本文利用从头计算(MP2/6-311++G**//HF/6-31G**)方法和ABEEM/MM蛋白质力场模型,对六种二肽分子的稳定构象的性质进行了研究,其结果表明我们模型计算的结果可以和从头计算相媲美。以上研究有助于加深对二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证了ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供了可靠依据。
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