作为我国医疗保障体系中最早开始实施的城镇职工基本医疗保险制度,从1999年开始实行至今已有18年的发展历史。近年来,随着全国老龄化进程的不断加快,人们健康意识的不断加强,城镇职工基本医疗费用支出逐年上升。在此压力下,医保统筹基金仍旧存在大量的结余,导致了基金使用的经济性、效率性和效果性没有达到更好的状态,造成了参保人员医疗保险待遇没有得到有效提高,从而增加了基金的管理成本。因此对医疗保险基金监督、管理和使用等各阶段进行绩效审计,可以进一步健全和完善我国城镇职工基本医疗保险制度,使医保基金得到充分使用,人民的健康得到更好的保障。本文主要围绕城镇职工基本医疗保险基金在绩效审计中存在的问题展开研究,以政府绩效审计为切入点,通过借鉴国内外医疗保险基金绩效审计方面的有效办法,运用文献研究法、调查法、案例研究法等,结合我国现阶段实施医保基金绩效审计的难点以及存在的一些问题进行阐述。以A市为例,例如缺乏规范性的评价标准以及系统性的评价体系,取证难度大,数据分析难操作等问题,从理论到实践,找出问题根源,探讨其解决办法。从优化城镇职工基本医疗保险基金绩效审计程序出发,通过改善绩效审计的审计方法,提高审计体制独立性以及审计人员的专业性等方面提出相应的改进意见和建议,为完善我国医疗保险基金绩效审计制度及进一步深化医疗卫生体制改革提供有益的借鉴。