排污收费制度在我国施行30余年,在筹集环保资金和治理污染上作出了重大贡献,但也存在着缺陷。我国目前只对五类污染征收排污费,排污费征收范围还不是很广,未将热污染、光污染、核污染等污染因子纳入到排污费的征收范围。排污费征收标准仅为实际治污费用的一半,限制了排污收费制度作用的发挥,应主要依据排污收费标准高于或者至少等于治污成本的原则,在充分考量全国各地区环境条件差异性的基础上,适度调整排污费征收标准。对于排污者申报过程中出现的漏报、谎报问题,可以通过运用反证法和环境监察部门定期监测、抽查的方式加以解决。排污费的征收不仅要协调好环境监察机构与环境监测机构之间的关系,还应当优化排污费征收程序,以彰显排污收费的灵活性。在排污费减免的实施过程中,应当把握好排污费减免的度,既严格控制排污费减免的法律程序,又使排污费减免具有灵活性。在排污费的使用上,要严格执行收支两条线管理制度,做到排污费专款专用,严禁截留和挤占挪用排污费。虽然我国的排污收费制度还有其发挥作用的空间,但是排污税和排污交易制度已成为发展趋势。因此要对排污收费制度进行相应的修改和完善,将部分排污费改为排污税。在对排污收费制度进行改革时,要特别注意立法体系和配套制度层面上的融合与衔接。