利用RAPD技术对来自不同生态环境的40份干用辣椒种质资源进行多态性分析和聚类比较，在DNA水平上研究干用辣椒种质资源的亲缘关系，为干用辣椒杂种优势育种的亲本选配提供理论依据。取得的主要研究结果如下： 1.采用改良的CTAB法从干用辣椒叶片中提取DNA，经紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测，OD260/OD280比值在1.72-2.0之间，DNA浓度介于190-890ng·μl；结果表明CTAB法提取的DNA条带完整，无降解，可以用于RAPD分析。 2.试验对反应体系中5个重要因子进行了正交试验，筛选出最优的反应体系，并在此基础上对退火温度与循环次数进行单因素试验，从而确定了一套最佳的干用辣椒RAPD反应体系和扩增程序，即反应体系(25μl)为：PCR染料2.0μl，MgCl22.0mmoI·L-1，dNTPs0.6 mmol·L-1，引物0.5μmol·L-1，DNA模板125ng，Taq酶1.25U，超纯水14.9μl:扩增程序为：94℃预变性4 min，40个PCR循环94℃变性1 min，37℃退火1 min，72℃延伸1 min，72℃复延伸5 min，4℃保存。 3.从200条随机引物中选择了扩增效果最好的11个引物进行聚类分析，扩增出了115条DNA条带，平均每个引物10.4条，其中101条条带具有多态性，多态性比率高达87.8％，每个引物可扩增出7-11条多态性带，平均每个引物9.18条多态性带。 4.根据Jaccard公式建立了遗传距离矩阵图与亲缘关系树状图：对40个干用辣椒种质资源进行遗传关系比较和类别划分：当遗传距离为0.46处可以分为八类：第一类：干红8号：第二类：火箭；第三类：DLXHT-1号、9801大王代替品种；第四类：K-503；第五类：金富贵、红日、谷雨PE-700-x、谷雨神州行、京椒2、谷雨PE-706、谷雨PE-707、京椒1、谷雨PE-705、谷雨PE-704、K-500、红峰、美国铁皮椒、一品红、谷雨PE-703、谷雨PE-702、红塔、谷雨PE-701、朝天椒、大王；第六类：折天红；第七类：早吉红、德龙金塔、统一、早红、XKYH-3号、强势丰塔：京椒4、大酱：XYD-2号、益都红、清引7号：第八类：吉早红、干红、特大牛角椒。