近年来,随着高校扩招的持续进行,高校对于优质资源的竞争日益激烈,国家对高校办学效益的评价日益重视。目前,在我国多数高校,二级学院已成为具有自主管理职能的教学行政单位,因此对二级学院进行绩效评价是高校科学发展的需要,也是国家、大众对高校资源投入产出信息公开的要求,有利于促进高校二级学院管理工作的高效实施,为整个高校的管理工作提供依据。与此同时,高校二级学院绩效评价体系的构建能够为高校绩效管理工作奠定坚实的基础。然而,高校二级学院作为一个多输入、多输出且相对独立的单元,其绩效的评价工作尤为复杂。本文分析了国内外高校绩效评价的研究现状,评价指标构成以及评价方法模型,联系所研究高校二级学院的实际情况,从平衡计分卡的服务对象、财务资源、内部流程、学习与发展四个维度出发,分别研究高校二级学院的投入和产出,选择研究者使用频率较高且笔者认为比较合适的指标,构建了一套符合该校二级学院发展的绩效评价指标体系。与此同时,本文综合层次分析法、数据包络分析法的优势,构建出了主观与客观、定性与定量相结合的研究模型。在此基础上,本文选取B高校二级学院连续三年的投入-产出数据进行实证分析,总结了该校各二级学院的绩效现状和存在的问题,并针对性提出提升该校二级学院绩效水平的相关建议。