补充侦查制度是刑事诉讼活动进入审查起诉或庭审阶段,出现事实不清、证据不足等问题而被迫停留或者反复存在的,它并不是刑事诉讼的必经阶段。虽然我国现行刑事诉讼带有对抗制的特点,引入了当事人主义诉讼模式的很多因素,对补充侦查的修改表现在增加了补充侦查的适用次数、补充侦查的期限,但是,由于我国的刑事诉讼理念过于强调对于实体真实的发现,导致补充侦查在实际适用过程中出现了很多问题。本文在分析我国补充侦查现状的基础上，提出了完善我国补充侦查制度的构想。
　　本文除引言和结语外,正文共分四个部分,约有三万六千字。
　　第一部分,我国补充侦查制度概论。这一部分共有四个方面的内容。首先明确补充侦查的概念,其次将补充侦查与相关概念进行比较,进一步明确补充侦查概念的内涵与外延。第三,笔者按不同的分类标准对补充侦查作了不同的分类。最后,深入分析补充侦查存在的理论依据和现实依据。
　　第二部分,补充侦查制度的比较法考察。此部分笔者从两大法系检警关系入手,分析了具有代表性的几个国家的补充侦查制度,在此基础上总结了两大法系国家关于补充侦查制度规定的异同点,同时,笔者还对两大法系国家侦查终结后补充侦查的运行情况进行了比较分析,希望对我国有一定的借鉴意义。
　　第三部分,我国补充侦查制度的现实分析。首先,审查批捕阶段。提出法律对不批准逮捕时执行方式的不明确与事实补充侦查的存在。其次,审查起诉阶段。此阶段的补充侦查存在的问题主要有侦查机关屡退不查或补查不力、退补案件超期羁押严重、侦查机关与检察机关互借时间及检察机关对退补案件监督不力等,最后,法庭审理阶段。此阶段补充侦查体现了我国补充侦查适用的过于宽泛,与我国庭审方向改革不相吻合,庭审阶段补充侦查可能与集中审理原则存在一定冲突,法院的补充侦查决定权会导致控辩不平衡的加剧。
　　第四部分,我国补充侦查制度的完善。笔者在此部分提出的完善建议与制度构建也将以诉讼阶段为标准。第一,明确检察机关不批准逮捕的执行方式,第二,完善审查起诉阶段的补充侦查制度,一是要加强检察机关对侦查机关补充侦查的制约与控制,二是要制定明确具体的批捕标准、起诉标准、审判标准和统一的刑事诉讼证据规则;三是正确使用不诉权,取消“不诉指标”;四是要明确自行补充侦查的适用条件。第三,严格限制法庭审理阶段的补充侦查,废除法院的补充侦查决定权,制约检察机关的补充侦查决定权。第四,对于二审程序中存在的事实补充侦查在补侦范围上、补侦主体上和补侦条件上予以规范。