随着全球技术创新竞争的不断升级，科技创新企业的生存竞争日益激烈。孵化网络能够聚集创新资源，为科技创新企业成长提供更好的条件，提高科技创业成功率。本文以创业孵化网络为研究对象，具有重要的理论和实践意义。本文将孵化网络视为人工生态系统，在对博弈论、生态系统理论、社会网络理论、交易成本理论、资源基础理论等理论进行梳理的基础上，对创业孵化生态系统进行界定，并通过文献分析、数理建模、博弈分析和实证分析，探讨了创业孵化生态系统结构演化的影响因子相互之间的作用关系及其对合作绩效的影响。本文主要创新如下：（1）本文构建了创业孵化生态系统的概念模型。从现有文献来看，对孵化器网络的研究多为网络系统的构建，但忽略了孵化器网络化的不同阶段网络成员之间关系的演变。本文引入生态学概念丰富孵化器理论研究的视角，分析创业孵化生态系统创新种群之间的关系属性及其在孵化网络不同阶段关系的演变，将博弈理论运用到种间关系的分析，讨论创新种群的竞合关系以及合作对策；（2）构建了创业孵化生态系统的无标度网络演化模型。目前对孵化网络的研究多以随机网络、小世界网络来解释网络结构演化，不能反映出节点异质性的影响。本文在BA无标度网络模型基础上，加入对网络节点异质性和中间节点效应的讨论，并分析其对孵化网络演化的作用。在此基础上，建立中心节点的囚徒困境博弈和雪堆博弈的统一博弈模型，分析中心节点博弈对网络的稳定性的影响，并提出促进合作实现联盟绩效最大化的建议；（3）构建了创业孵化生态系统网络演化影响因素的扎根理论模型并对各因素之间的关系进行实证研究。以我国孵化网络为研究对象，运用扎根理论抽象出“网络关系结构”、“成员适应行为”、“资源协调互补”、“网络外部环境”和“网络价值扩散”等五个对孵化网络演化存在显著影响的主范畴。提取出合作绩效关键影响因子：“关系强度”、“控制”、“信任”、“成员能力”、“公平感知”、“知识共享”和“环境不确定性”，并进行实证研究。结果显示：网络关系强度对于联盟绩效具有显著正向影响，成员信任、知识共享在网络关系强度和联盟绩效之间起中介作用，公平感知、成员能力会调节知识共享的中介作用，联盟控制、环境不确定性会调节成员信任的中介作用。本文研究成果有助于理解创业孵化生态系统演化影响因子之间的作用关系、把握影响联盟合作绩效的关键变量，研究结果可以对创业孵化生态系统成长及网络演化的路径优化、改善联盟整体合作绩效提供科学合理的建议。