毒品犯罪中认定主观“明知”的困难,主要有两方面：一是立法的不足。在2007年最高人民法院、最高人民检察院、公安部制定《办理毒品犯罪案件适用法律若干问题的意见》中第2条作出的相关规定中,只明确了走私、贩卖、运输、非法持有毒品罪中“明知”的认定,对其他毒品犯罪中“明知”的认定未明确。2008年最高人民法院印发的《全国部分法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要》中第10条对被告人“明知”作出了概括性规定及列举性规定(具体列举了10种认定“明知”的情形)。上述两司法解释相比,认定毒品犯罪“明知”的范围扩大,所有的毒品犯罪都可以认定“明知”,但认定“明知”的10种情形仍未脱离走私、贩卖、运输、非法持有毒品罪。二是司法实践中存在困难。因为立法及司法解释的不足,在实践中除4种毒品犯罪可依司法解释的规定,认定“明知”外,其他毒品犯罪中的“明知”用何种方法认定?由于认定的方法未明确,容易导致司法实践中办案人员随意认定犯罪嫌疑人、被告人主观“明知”,本文在第一部分进行详细论述。毒品犯罪中认定“明知”所采用的方法既不是推理也不是法律拟制而是推定。本文在推定理论的基础上,剖析毒品犯罪中“明知”的推定,特别指出毒品犯罪中“明知”包括：第一,推定“明知”的范围及程度。即推定犯罪嫌疑人、被告人“应该知道”或“可能知道”其行为的对象是毒品或与毒品有关；其行为的性质(做了什么、用什么方法和手段)。第二,推定“明知”的证明责任。推定毒品犯罪中,犯罪嫌疑人、被告人“明知”并没有转移其证明责任,证明责任仍然在公安机关,犯罪嫌疑人、被告人对公安机关提出反驳意见只是行使自己的抗辩权。第三,推定“明知”的缺陷。推定犯罪嫌疑人、被告人主观“明知”不是因为法律的规定,而是因为自由心证,主观的推定其“明知”。如果没有法律或其他规则限制推定中的自由心证,在毒品犯罪中运用推定理论认定犯罪嫌疑人、被告人主观“明知”则毫无意义。最后,笔者根据前述毒品犯罪中推定的缺陷,结合毒品犯罪的司法实践,认为,实践中推定“明知”时应遵守推定的5个原则。结合刑诉法的证据理论提出完善的方法。