本研究利用ISSR分子标记和生理、形态区分的方法对33个绿玉树品系的遗传多样性及其分类进行了分析，得到如下结果： 1、从100个引物中筛选出17条有效引物，对绿玉树的DNA进行扩增，共扩增出149条DNA条带，其中多态性DNA条带59条，多态性百分比为39.60％。每个引物扩增的条带数目在6-14条之间，平均8.8条，33个绿玉树品系的遗传相似系数在0.4516-1之间，平均相似系数为0.8662，其中，海南西岛和海南海口的遗传相似系数最高，为1，表明它们的亲缘关系最近，可能来自同一品系。昆明绿玉树与雷州绿玉树之间的遗传相似系数最低，为0.4516，表明它们之间遗传差异性最大；其次为徐闻6与昆明绿玉树，它们之间的遗传相似系数为0.4839，说明它们之间的遗传差异也比较大。据此可将绿玉树分为两大类：昆明绿玉树单独为一类，其它32个为一类。 2、湛江地区27份绿玉树品系的遗传相似系数在0.7581-1之间，表明这些品系之间有相似的遗传背景，但又存在一定的差异。最小的相似系数为0.7581，最大的为1，差异不明显；湛江品系与昆明品系的差异极大。 3、通过对来自不同地区的9个绿玉树品系进行生理、形态数据分析，得到以下结果：根据光合速率的不同，可以分为两类，雷州、上海和霞山为一类，其余6个品系为一类；根据株高增长速率的不同，可以分为3个类型，技校和雷州为一类，生长最快；上海单独为一类，生长最慢；坡头、南亚所、徐闻、海南、昆明和霞山为另一类，属于中间类型；根据定长枝条的长度比较，可以分为3个类型：徐闻、南亚所、海南、雷州为一类，昆明、霞山、上海的为一类，坡头和技校的为另一类；根据夹角大小可分为两类：昆明绿玉树单独为一类，其余的为一类。 4、应用ISSR分子标记技术，结合绿玉树的生理数据，可为绿玉树的分类，选择绿玉树优良单株提供依据，可为选择优良杂交亲本做参考。 5、与遗传相似系数相关性最高的是主茎增长率，为-0.7009，其次是分枝夹角，为0.6887，均达显著水平。再次是气孔导度和光合速率，其相关系数分别为0.5421、0.5248，但都未达显著水平，其它形态生理指标与遗传相似系数的相关系数较小。可见，在遗传相似系数分析不方便时，可以用主茎增长率和分枝夹角区分品系。