水稻白叶枯病曾经是我国水稻生产上的“三大病害”之一,后由于抗病品种的推广应用,病害发生危害得到一定程度的控制。目前,本病在我国不同水稻种植区,尤其是沿海稻区仍是影响水稻生产的重要障碍因素。监测和掌握发病地区白叶枯菌小种毒力分化、群体结构及遗传变异等,可以对抗病品种的选育与合理利用作出指引,是控制病害发生、降低产量损失的有效途径。本研究对从湖北省水稻主产区采集到的白叶枯病标样,并分离得到的71个白叶枯菌株进行了小种鉴定和遗传多样性分析。在此基础上,初步建立了针对白叶枯菌的实时荧光定量PCR检测体系,对其特异性和灵敏度进行了检测,并应用该体系对接种白叶枯菌后水稻叶片Xoo菌量变化进行了追踪测定,取得的主要结果如下。1.对2013-2014年间于湖北省各地区采集分离得到的71个水稻白叶枯菌株利用鉴别寄主法进行了小种鉴定,结果表明有R1、R2、R3、R4、R5、R6、R9这7个小种。其中优势小种为R3(出现频率为33.80%)。与前期小种鉴定结果相比,2007-2009年到2013-2014年,湖北省优势小种从R4变为R3,各市优势小种变化较大,武汉市的优势小种仍为R4,但频率增加了28.0%;孝感市的优势小种由R4、R5、R9变为R3、R5;宜昌市的优势小种由R4、R5变为R1;黄冈市的优势小种由R3、R4变为R3;荆州市的优势小种由R5变为R4;咸宁市的优势小种由R3、R5变为R3;襄阳市的优势小种由R2、R4变为R1。2.对71个菌株基因组DNA进行Rep-PCR扩增,将得到的指纹带型进行聚类分析结果表明:引物ERIC、BOX分别呈现出16、15种谱型,引物REP的分辨率太低,不能进行聚类分析。以彼此带位相似率70%为界,通过UPGMA聚类分析可将71个菌株分别引物ERIC、BOX扩增谱型分别分为13簇、8簇。然而本次试验未发现菌株的地理来源、小种和遗传多样性之间有显著相关性。3.试验还筛选出了高特异性、高灵敏度的引物,建立了对水稻白叶枯菌实时荧光定量检测体系。在同普通PCR检测作对比的试验中,对菌液、模拟带菌种子、模拟带菌土壤的检测结果表明,实时荧光定量PCR比普通PCR的灵敏度要高10-1000倍,最低可以检测出浓度为100个拷贝/μL的标准品质粒、103cfu/m L的菌液。在模拟带菌种子和土壤检测中,均可以检测到病菌,但实时荧光定量PCR检测灵敏度仍比常规PCR要高。试验还制作了标准品质粒,用来进行精确的定量试验,对人工接种后水稻叶片上Xoo菌量变化进行了检测,找到了水稻显症的阈值为10cm长度叶片上Xoo菌量在108个左右,为病害的预警提供支持。