大肠杆菌DsrA是被研究得最清楚的调节非编码小RNA之一。它位于调控荚膜多糖合成基因rcsA下游,全长87个核苷酸,并且调控时依赖于Hfq蛋白质。当细菌处于低温或者酸性条件下,细菌会大量表达DsrAsRNA,来调控rpoS和hnsmRNA的活性,激活σs翻译并且抑制H-NS表达,从而调控很多基因的转录。近两年来,人们又发现DsrA可以抑制参与细胞壁合成的mreB和参与糖代谢的rbsD mRNA。尽管有大量文献报导了 DsrA sRNA的转录后调节功能,但是它的原子分辨率结构仍然不清楚。因此,我们使用核磁共振技术研究了DsrA结构。首先,我们解析了 DsrA第一个茎环（SL1）的三维结构。SL1形成一个标准A型RNA结构,茎部结构很稳定,但是由“AUUUC”组成的loop区柔性很大,具有动态性。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳和核磁共振技术,我们证明了 rpos mRNA能够与DsrA SL1和随后的单链区形成碱基配对,在不需要Hfq或者CsdA等蛋白质的帮助下,就能打开SL1稳定的茎环结构。有不同文献报导了 DsrA有三个不同二级结构模型。在这三个模型中,SL1和SL3的序列和二级结构都是一样的,但是SL2结构却有很大区别。我们进一步确认了在NMR条件下SL2的二级结构,并且证明这个二级结构与Lease和Belfort报导的二级结构模型最一致。它的底部碱基配对非常不稳定,当温度升高时就会被打开,而顶部可形成相对稳定的茎环结构。我们还发现SL2可以存在两种构象,而且SL2 5’端单链linker会影响这两种构象的变化。为此,我们设计了几个RNA,分别为Domain235nt（28-60核苷酸）,Domain230nt （33-60 核苷酸）and Domain225nt （38-60 核苷酸）。通过比较不同 RNA的2D1H-1HNOESY谱图,我们发现SL2顶部茎环会同时存在两种结构。虽然Domian2所有亚氨基信号都属于A构象,但是另外三个RNA都包含了另外一种构象亚氨基信号。当在Domain225nt加上更稳定底部碱基配对时,两种构象都会出现,而且这两种构象的交叉峰强度基本一样。虽然SL2结构柔性很大,但是它的亚氨基信号在SL12和SL23中保持一致,说明SL12和SL23都能形成包含两个茎环结构的稳定结构。但是当DsrA全长在高浓度下时,只有SL1形成稳定结构,而SL2和SL3观测不到任何亚氨基信号,因而没有形成茎环结构。RNA是功能最多样的生物大分子。有时候一个RNA分子同时有多种功能,比如DsrAsRNA。当RNA发挥不同的功能时,它可能会采取不同的构象。尽管RNA构象多样性在生物学上很重要,但是人们对于RNA采取不同构象从而行使多种功能的结构细节仍然不是很清楚。因此,我们在DsrA上的工作填补了这一空白。