九龙江是龙岩、漳州和厦门三市的饮用水源，同时该流域又是近海流域。目前流域的农业非点源污染已经比较突出，因此，对九龙江流域农业非点源污染的研究，具有重要的现实意义和理论价值。 在九龙江上游遴选一个典型农业流域——五川流域，通过广泛的实地调查获得了流域大量的基础数据，并通过2002年全年降雨事件降雨径流、水质测定以及大田不同土地利用类型下的浅层地下水质的测定等工作，本论文取得了以下成果： 第一、对九龙江上游五川流域的氮磷地表径流流失规律及特征进行了探讨，揭示了7～9月总氮、总磷和泥沙量分别占全年总流失量的95％、87％和93％以上；氮一般以可溶性氮形式流失；磷则以颗粒态形式流失等规律和特点。 第二、分析探讨了五川流域的氮磷渗漏的规律及特征，揭示了五川流域施化肥为主的土地利用类型中，渗漏水中氮素形态以硝氮为主；但配施有机肥的土地利用类型氨氮浓度高于硝氮浓度以及该流域氨氮浓度高等农田氮素对浅层地下水渗漏一些规律和特点。 第三、采用水量平衡法估算了大田条件下氮素渗漏量范围在3.7-54kg/ha.a，其中香蕉用地的氮渗漏负荷最高，其次为水稻田，荒草地最低。 第四、将AGNPS模型全面、系统地引入到福建地区的农业流域进行非点源污染的模拟研究。利用验证后的AGNPS模型进一步估算了五川流域氮磷流失负荷为总氮27.51kg/ha.a、总磷0.75kg/ha.a。其中水土流失的贡献占流失总氮的19.67％和总磷的88.64％。肥料的贡献占流失总氮的80.33％和总磷的10.70％。 第五、将AGNPS模型引入到管理措施的评价中，用模型进行了各方案实施前后效果的定量评价，为提出最佳控制措施提供科学依据。