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植物病原菌严重危害各种农作物的生长，是造成农业损失的主要原因之一。放线菌可以产生抑制植物病原菌的活性物质，是生物活性物质的重要来源。本研究以稻瘟病病菌、立枯丝核菌、棉花黄萎病菌、禾谷镰刀病菌和葡萄灰霉菌为指示菌，从神农架地区土壤微生物菌种库中分离筛选出15株具有抗真菌活性的放线菌。其中放线菌ⅡB21菌株对稻瘟病病菌的抑菌圈直径达到48mm。根据放线菌ⅡB21菌株的形态特征、培养特征、生理生化特征及16S rDNA序列的系统发育分析，初步鉴定ⅡB21菌株属于链霉菌属。ⅡB21菌株的16S rDNA序列已经被NCBI收录，其注册号为JQ950680。通过对放线菌ⅡB21菌株发酵条件的优化表明：较佳碳源为蔗糖；较佳氮源为牛肉膏。较适发酵条件为：初始pH7.0，培养时间4天，培养温度30℃，摇床转速180rpm。放线菌ⅡB21菌株的发酵上清液在4℃到80℃之间均有抑菌活性，30℃的抑菌活性最大，其抑菌圈直径达到41.61mm；原始发酵上清液的pH值为8.6，其达到最大抑菌圈直径46.70mm，在pH值为3.0~10.0范围内，抑菌圈直径都达到最大值的74.95%以上；紫外线照射不同时间其抑菌活性几乎没有改变。通过乙酸乙酯的萃取，ⅡB21菌株发酵产物的生物活性物质大约浓缩了5倍；薄层层析展开剂的最佳配比为V(石油醚)：V(乙酸乙酯)=7:3；硅胶柱层析初步分离了两个具有抑菌活性的组分，组分Ⅰ的平均抑菌圈直径为21.06mm，组分Ⅱ的平均抑菌圈直径为25.31mm。利用PKS基因簇中KS区保守序列设计的引物对15株放线菌进行PCR扩增，共有6种放线菌的总DNA扩增出了约750bp大小的预期片段。将其中的ⅢD1菌株和ⅡR21菌株的扩增片段进行克隆测序并将序列提交至NCBI，ⅢD1菌株PKS基因的登录号是JQ950678，ⅡR21菌株PKS基因的登录号是JQ950679。其生物信息学分析暗示ⅢD1菌株和ⅡR21菌株的基因组中存在PKS基因簇。