西瓜是一种市场需求量大且栽培面积广的果蔬作物。对于西瓜产业的发展而言,品种指纹图谱的构建及种子纯度的鉴定显得尤为重要。本研究利用核心SSR标记构建了湖南地区主栽的11个西瓜品种的指纹图谱,并进行了遗传多样性分析。对23对核心引物进行了筛选,筛选出的2对特异性引物可准确、可靠的鉴定‘雪龙三号’的纯度。主要研究结果如下:1、对西瓜DNA的提取部位进行了研究。利用植物DNA提取试剂盒分别对西瓜真叶、子叶、种芽、种仁等材料进行了DNA的提取。结果表明,提取的DNA浓度与质量的大小排序均为:真叶>子叶>种芽>种仁。将上述材料中提取的DNA作为模板进行了SSR-PCR扩增分析,以上4组DNA模板均能扩增出清晰可见的条带,只是效果略有差异,并不影响条带的读取。2、优化建立了西瓜SSR-PCR反应体系,选用湖南地区主栽品种:新一号、新二号、雪龙一号、雪龙三号、红小玉、黄小玉、早佳、早蜜、西农九号、翠金和黑媚娘共计11份西瓜种质资源,通过对23对核心SSR引物的筛选,最终确定了8对多态性引物并成功构建出11份西瓜品种的指纹图谱。聚类分析结果表明,在遗传距离0.66处,可将以上11份供试西瓜品种分为四大类。3、利用高抗枯萎病的‘雪龙三号’及其亲本作为供试材料,筛选出BVWS02048和BVWS00048共2对在杂交种与亲本间扩增条带有差异的核心引物,利用这2对特异性引物分别鉴定了‘雪龙三号’种子的纯度,并通过形态标记来验证其准确性,SSR分子标记鉴定结果与田间种植结果吻合率达99%。