离子液体双水相体系作为一种高效率、环保、易分离的分离纯化系统,在酶的分离纯化领域有广泛的运用。木瓜蛋白酶具有耐高温、稳定性好和安全环保等特征,多应用于食品、化工和医药等领域。然而传统的提取方法存在酶活性低等缺点,无法达到现代工业要求。离子液体双水相的出现很好的解决了传统方法的缺点,但是构建新的离子液体双水相体系萃取木瓜蛋白酶缺少理论的指导,构建过程不系统,较为繁琐。所以,探索离子液体双水相萃取木瓜蛋白酶的机理极为迫切。本文采用分子对接联合荧光光谱的方法,探究不同离子液体双水相体系萃取过程中离子液体与木瓜蛋白酶的相互作用规律。通过建立实际离子液体双水相萃取体系,探究该体系的萃取行为及木瓜蛋白酶在体系中的分配行为规律,实验内容如下:（1）离子液体与木瓜蛋白酶的分子对接研究。采用半柔性对接的方法使用软件Auto dock对[C_nmim]⁺、[C_nPy]⁺与木瓜蛋白酶之间进行分子对接,对接结果显示:[C_nPy]⁺和[C_nmim]⁺与木瓜蛋白酶可以自行发生结合,只存在一个结合位点,[C_nPy]⁺和[C_nmim]⁺与木瓜蛋白酶之间存在较强的疏水相互作用、范德华力、π-π相互作用和氢键。[C₄Py]⁺和[C₈mim]⁺与木瓜蛋白酶的结合自由能高于同类型其它离子液体。（2）离子液体与木瓜蛋白酶的荧光光谱研究。荧光光谱分析表明所有离子液体与木瓜蛋白酶之间发生静态荧光猝灭,结合生成复合物,结合位点数均为1,且结合过程为疏水相互作用下自发进行的结合。荧光光谱显示离子液体与木瓜蛋白酶结合能力强弱为:[C₂mim]Ac<[C₄mim]Ac<[C₆mim]Ac<[C₈mim]Ac,[C₄Py]CL>[C₄mim]BF₄,[C₄mim]BF₄<[C₄mim]N（CN）₂<[C₄mim]Ac,与分子对接结果一致。（3）离子液体双水相实际萃取木瓜蛋白酶分配系数研究。构建不同离子液体双水相体系萃取木瓜蛋白酶,分配系数的高低与荧光光谱所得结果相同,温度对分配系数的影响呈现温度升高分配系数增大的规律,在35度时分配系数最大。（4）离子液体双水相实际萃取木瓜蛋白酶的酶活回收率研究。对不同体系萃取所得的木瓜蛋白酶进行酶活性测定,酶活回收率的高低与分子对接显示规律一致,体系温度为30度时木瓜蛋白酶的酶活回收率最高。本文通过分子对接和荧光光谱进行理论研究,通过离子液体双水相体系实际萃取木瓜蛋白酶进行实验验证,显示所有的分子对接、荧光光谱、分配系数测定和酶活回收率测定结果都很好的相互关联。本研究对于筛选合适离子液体构建木瓜蛋白酶的双水相萃取体系具有理论指导作用。