毛蚶(Scapharca kagoshimensis)是广泛分布在西北太平洋近海的埋栖型贝类,具有较高的经济价值,一直是我国传统的渔业捕捞对象。由于在很长一段时间内,我国毛蚶的资源量相对比较丰富,对于毛蚶群体遗传学方面的研究迟迟没有得到关注。但随着中国近年来经济的发展以及城市现代化的推进,沿岸生态系统以及浅海贝类的栖息环境均受到了较大的挑战,保护渔业对象的自然资源,已经成为了一个较为紧迫的议题。毛蚶的人工育苗和养殖生产在我国已经开展了一段时间,人工繁育群体的遗传多样性是否降低也逐渐成为一个备受关注的问题。此外,为了更好的在育苗生成过程中做到有的放矢,借助分子生物学的技术手段,研究苗种繁育过程中有效繁殖群体的大小,亲代和子代之间遗传多样性的变化以及近交系数,对于今后健康苗种培育,推动毛蚶养殖产业具有重要的指导意义。为此,本研究开展了如下几方面的工作：1.毛蚶微卫星标记开发及其在家系分析中的应用首先,利用磁珠富集法,构建微卫星富集文库,从中挑选了196个克隆用于测序,得到41个具备多态性的微卫星位点。根据位点等位基因的范围,引物的退火温度以及反应条件等要素,从41个位点中筛选出20个,成功开发出7组微卫星多元PCR体系。利用TP-M13-SSR技术,对这些标记进行群体分析,结果显示位点的等位基因范围为5-26,位点的平均等位基因数为15.2。期望杂合度和观测杂合度的范围分别为0.733-0.960和0.563-0.886。经过序列化的Bonferroni校正后,共有两个位点偏离哈迪-温伯格平衡,所有位点中均未检测出连锁不平衡。2.毛蚶地理群体遗传学研究使用线粒体COI序列标记,检测了我国近海海域12个毛蚶地理群体的群体遗传结构。研究结果发现以长江口为界毛蚶地理群体存在两个进化显著单元(ESU),这两个ESU之间具有显著的遗传差异,每一个ESU又可被进一步分为两个次单倍型群。两两配对ΦST及IBDW分析结果显示,毛蚶地理群体呈现大而显著的群体遗传结构模式,并存在显著的距离遗传模式。这些证据表明,目前我国沿海毛蚶自然种群的遗传格局,主要是历史因素造成的,各个谱系之间已经形成了较为深刻的遗传分化。长江河口的淡水流入,可能是阻断毛蚶自然种群之间的基因流并长久维持这种历史格局的的主要因素。3.毛蚶养殖和野生群体遗传多样性比较研究使用10个微卫星标记,选择毛蚶的5个养殖群体以及2个野生群体的开展了相关的研究。研究结果表明,同野生群体相比,养殖群体并没有出现显著的遗传多样性水平的下降。FST检验结果以及遗传距离(Dc)计算结果,均显示养殖群体和野生群体之间存在较为显著的遗传分化,在养殖群体内部不同地域的群体,在遗传结构上也出现了显著的分化。这些研究结果表明,采用大数目的亲本繁殖规模可能是使得毛蚶养殖群体遗传多样性得以维系的主要原因之一。4.毛蚶养殖群体有效繁殖群体的研究使用8个微卫星标记对一个8雄7雌的毛蚶混交家系进行分析,比较了亲本和子代的遗传多样性变化,以此来推断毛蚶的有效繁殖群体大小。研究结果显示,亲本和子代的实际鉴定以及模拟分析的结果一致。使用8个微卫星标记可以获得95%以上的家系鉴定成功率。观测杂合度在亲代和子代之间差异不显著,期望杂合度在子代中显著降低,这可能是由于亲本对于子代的繁殖成功贡献率不同所导致的。群体的近交率估算为,有效繁殖群体数目为10.69,近交率为1.4%。实验结果表明,考虑到亲本繁殖贡献率的差异,在育苗生产中应该选用足够数目的亲本,以防止子代期望杂合度的降低。