人参品种SNP分子标记的开发与鉴定

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人参(Panax ginsengC.AMeyer)属于五加科人参属多年生草本植物,常以根或根茎入药,是传统的名贵中药材。我国栽培人参历史悠久,具有非常丰富的种质资源,由于人参的形态学标记容易受到生长发育阶段及环境等因素的影响,目前我国人参缺乏快速、准确的品种鉴定方法,不同的人参农家品种在各地的栽培群体中混杂分布,导致品种混乱,生产用种混杂、种性退化,严重影响了中国人参产量及质量的稳定性。DNA分子标记可以从 DNA水平了解人参的遗传变异,有助于人参优良品种的选育及规范化栽培和种植。本文采用单核苷酸多态性分子标记(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)对俄罗斯野山参及我国栽培品种大马牙进行了分子鉴定的研究,以期为人参的品种鉴定提供依据。主要成果如下:  1.以线粒体基因内含子为目标序列,设计内含子侧翼引物对不同人参品种进行扩增。对线粒体cytochrome oxidase subunit II基因的第二个内含子及线粒体NADH dehydrogenase subunit7基因的第三个内含子进行扩增,扩增产物均为单一条带,长度分别为771 bp和992 bp。  2.对不同人参品种的内含子扩增产物的序列进行比对,发掘不同品种的 SNP位点。对线粒体cytochrome oxidase subunit II基因内含子扩增产物进行序列比对,发现在第386 bp碱基位置处,大马牙为A,而其他品种为C,为大马牙的SNP位点;对线粒体Nad7基因3区域内含子扩增产物进行比对,发现在第700个核苷酸位置,俄罗斯野山参为G,中国栽培人参为T,确定为俄罗斯野山参的SNP位点。  3.根据发掘的SNP位点,人为引入错配碱基设计大马牙及俄罗斯野山参的位点特异性引物。根据大马牙的SNP位点,设计了大马牙的SNP引物DaF:5-ATTCAATG GAGGACTTCACA-3,根据俄罗斯野山参的SNP位点,设计了其SNP引物nadwR:5-GGCTTTCTTTGCCTTATTATTC-3。  4.建立了多重 PCR体系,实现了人参品种的鉴别。对大马牙进行了多重 PCR鉴别,大马牙的特异性条带为410 bp;建立了俄罗斯野山参的多重PCR体系,俄罗斯野山参的特异性条带为721 bp。利用不同人参品种扩增出的不同特异性条带,可以清晰地鉴定出大马牙及俄罗斯野山参。  本研究开发的SNP分子标记及建立的多重PCR体系能够快速、高效的鉴别大马牙及俄罗斯野山参,可以为人参及俄罗斯野山参的分子鉴定提供客观依据,并可以作为化学及表型鉴别方法的有效补充。
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