在全球历经金融危机面临经济下滑的大背景下，经济发展区域性特征更加明显，因而不断提升区域发展竞争力成为区域经济发展的重要课题。随着经济发展因素趋同性特征日益明显，内生性的创新能力越来越影响着一个区域的经济发展综合实力，全球许多地区便把构建区域创新系统、提供创新系统效率提到战略高度。建设区域创新系统能合理配置区域内资源并提高创新效率，提升区域竞争力。内生型产业集群作为一种经济发展方式，对区域经济发展作用巨大。其作为一般产业集群，具备专业化、集聚性、关联性等特征，加上其基于地方特色、源于地区资源的形成原因，清晰的地理边界，非线性式的竞合企业关系以及原位生长的发展模式，使其在区域创新方面优势更加明显，并且二者在地域、结构形态、目标及功能方面密切相关，内生型产业集群可以成为催化区域创新系统生成的重要载体，以内生型产业集群为路径，可以逐步构建起高效的区域创新系统。从内生型产业集群与区域创新系统逻辑关系入手研究基于内生型产业集群的区域创新系统效率问题。采用理论联系实际、规范分析与实证分析相结合的方法，在进行了相关文献综述及内生型产业集群与区域创新系统理论梳理的基础上，分析了二者的内在双向互动关系，指出内生型产业集群是催化区域创新系统生成的基本载体，另一方面区域创新系统可以起到优化内生型产业集群结构的作用，随后以山东半岛蓝色经济区为例，对区内特色海洋产业的集群与创新系统建设现状进行了分析，指出山东半岛蓝色经济区海洋产业在区位条件、经济地位及政府导向的共同作用下形成发展过程，运用区位熵判定法对“十一五”以来全国沿海省市海洋产业集群状况进行描述，并得出山东半岛蓝色经济区的产业集聚相对程度，再次对区内海洋三次产业和主要海洋产业分别进行区位熵判定，定量得到半岛蓝色经济区海洋产业集群发展现状及存在的主要问题。从区域创新系统的创新投入、创新能力、创新环境和经济效益四方面对山东半岛蓝色经济区创新系统现状进行了分析，指出“十一五”期间半岛蓝色经济区创新投入体系逐渐明确，创新能力不断提高，科技成果丰硕多元，创新软硬环境全面优化，创新带来的经济效益规模扩大、可持续性高。同时指出，半岛蓝色经济区创新系统建设中存在着创新科技产业化步伐缓慢、创新人力资源应用紧缺等问题。实证分析方面，除理论研究分析，运用数据包络分析方法从投入产出共八项指标出发对沿海五省市的海洋方向区域创新系统相对效率进行了运算与结果分析，从模型内区域创新系统相对效率、松弛变量、生产前沿面上的投影和规模效益四方面对山东半岛蓝色经济区创新系统相对效率结果进行评价与改进，指出其相对效率偏低的原因之一是区位熵值相对偏低，即区内海洋产业集群发展不足，需要通过大力发展海洋产业集群提升山东半岛蓝色经济区创新系统效率。通过理论与实证分析最终得到基于内生型产业集群的提升山东半岛蓝色经济区创新系统效率的可行性，就此提出对策建议，第一是发挥创新主体各自优势，促进海洋内生型产业集群的发展，进而构建集群式创新机制；第二是从区域创新系统因素出发，加大投入、优化创新环境；最后是建立促进区域创新的激励、约束机制，以期合理配置创新资源，提升区域创新系统效率。