【摘 要】
：
研究背景食管癌（EC）是最常见的消化道恶性肿瘤之一,发展中国家主要以鳞状细胞癌（ESCC）为主。早期的食管癌无明确特征性的症状表现,进展期治疗难度高,预后差。侵入性检查方法群体依从性及可及性均较差,这使得大规模人群的筛查是现阶段防治策略的一个死角,因此,找到可靠的生物标记物来解决食管癌的筛查诊断难题对于食管癌防治策略的调整优化将有重大意义。研究目的本实验是在当前国际国内食管癌研究进展的基础上,进行
【基金项目】
：
广东省省级科技计划项目（Grant NO.2017B020226005）； 国家重点研发计划项目（Grant NO.2017YFC1309002）； 广东省自然科学基金纵向协同项目（GrantNO.2017A030310081）；
论文部分内容阅读
研究背景食管癌（EC）是最常见的消化道恶性肿瘤之一,发展中国家主要以鳞状细胞癌（ESCC）为主。早期的食管癌无明确特征性的症状表现,进展期治疗难度高,预后差。侵入性检查方法群体依从性及可及性均较差,这使得大规模人群的筛查是现阶段防治策略的一个死角,因此,找到可靠的生物标记物来解决食管癌的筛查诊断难题对于食管癌防治策略的调整优化将有重大意义。研究目的本实验是在当前国际国内食管癌研究进展的基础上,进行广泛文献调研,并从中筛选了一些研究方法可靠,样本量充足的相关研究已经初步证实了的效果比较好的基因:STK3,ARHGEF4,NDRG4,SHANK2,TBX15 等共 18个差异性甲基化区域（differentially methylated regions,DMRs）,我们通过设计甲基化位点特异性的寡核苷酸引物,利用Methylight技术来观测这些甲基化标志物在食管癌组织样本中的表达强度,比较这些甲基化位点在食管癌的正常组织、早期肿瘤组织以及进展期肿瘤组织之间甲基化水平的差异;通过与国际国内相关领域的研究结果进行比较,分析这些特异性DNA甲基化标记物（Methylated DNA Markers）在使用Methylight技术方法时的诊断性能差异,并以此联系探索表观遗传学改变在肿瘤的发生发展过程中的作用。同时,本研究预期通过对样本的数据分析构建风险预测模型,探索单个标记与多个标记组合在区分食管癌的肿瘤组织与非肿瘤组织之间的甲基化水平差异的能力。该实验得到验证的性能较好的MDMs将为我们在食管癌的无创诊断肿瘤标志物研究方面给我们一些启发。研究资料与方法本课题收集了来自南方医院的共54例的食管鳞状细胞癌（ESCC）手术标本的FFPE组织样本,使用纯化柱提取方法抽提组织DNA,使用磁珠进行样本DNA的转化,通过设计荧光修饰的甲基化位点特异的寡核苷酸序列,利用Methylight技术来检测样本中特定片段的甲基化水平。后通过生物统计分析,来比较特异性甲基化位点的甲基化水平在不同的分期分组里是否有差异,并通过逻辑回归构建诊断预测模型,评估性能较好的MDMs在该实验技术条件下的预测能力,绘制ROC曲线,计算曲线下面积。比较标记组合分类器与单一甲基化标记的性能差异。从而找到具有早诊潜力的差异性甲基化位点。研究结果在纳入实验设计的18个差异性甲基化区域中,分别从中选取了 1-2个CpG位点进行实验,在区分肿瘤组织与远癌旁组织以及不同的分期分组时,性能较好的 4 个 marker 是:chr19KN196484v1、STK3、OLPLAH、ZNF542,P 均小于0.001,AUC可以达到0.720-0.908,取约登指数最大时的界值,灵敏度最高的MDM是chr19KN196484v1,可以达到0.971,特异性最高的甲基化标志物是STK3,特异度有0.857。研究结论1.入组的14个位点特异性甲基化标志物在检测人基因组甲基化标准品时均能形成梯度差异,具有区分不同样本DNA的甲基化水平的能力。2.95%置信区间,P均小于0.001,AUC可以达到0.720-0.908,取约登指数最大时的界值,灵敏度最高的MDM是chr19KN196484v1,可以达到0.971,特异性最高的MDM是STK3,特异度有0.857。3.构建预测模型后可以得出,chr19KN196484v1和STK3组合的双标记分类器,AUC可以达到0.916,特异度可以达到0.895,灵敏度约0.829,相比单一的甲基化标记,曲线下面积得到提升。4.chr19KN196484v1和STK3这两个甲基化标记物具有作为食管癌可靠的肿瘤标志物的潜力。
其他文献
研究目的:乳糜泻是由麸质引起的慢性自身免疫性肠病,临床表现可累及全身多个器官及组织,目前有效的治疗方案仅有去除麸质饮食。本研究首先通过对近10年与乳糜泻治疗相关文献进行计量学分析,探索该领域国内外研究现状,了解目前治疗研究热点及前沿,希望为临床医师及研究人员提供参考;其次采用多种生物信息学分析工具进行数据挖掘,筛选与乳糜泻发生发展相关的信号通路、枢纽基因及免疫细胞,为寻找更多的乳糜泻治疗靶点提供理
背景真皮网状层下方的毛周脂肪组织凭借其独有的非代谢功能参与调控皮肤稳态过程。在毛囊生长发育过程中,毛周脂肪组织能够通过分泌调控性的因子对毛囊的周期生理进行调控。但在众多脂肪因子中,对毛囊生长过程起主要调节作用的分子尚未被明确定义。而明确脂肪组织在调控毛囊生长上的作用,对临床研究新型治疗脱发性疾病具有重要意义。因此本研究旨在探讨毛周脂肪组织在调控毛囊生长过程中的作用。目的1.毛囊周期间毛周脂肪组织基
研究背景在常规的超声检查中,经常会发现脑室扩张的病例,其中侧脑室扩张最为常见,其发生率差异较大,为1‰～22‰[1]。脑室扩张病因尚不明确,不同的病因导致出生后结局各不相同,有的可能导致患儿神经、运动和/或认知方面的障碍,也有的可能无任何临床表现,因此其预后与转归是临床较为棘手的问题。超声作为产前评估胎儿发育的重要手段,广泛应用于临床。受孕妇肥胖、胎儿体位不佳、羊水量异常、多胎妊娠、子宫畸形等影响
目的:非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）包括两个不同的病理状态,单纯性脂肪肝（NAFL）和非酒精性脂肪性肝炎（NASH）。近年来,NAFLD的发病率呈上升趋势,但是潜在的NAFLD发病机制尚未清楚。本研究对NAFLD病人进行分析,从而挖掘出与NAFLD的进展和预后密切相关的基因,筛选出治疗性药物,并进行实验验证。方法:在第一部分中,我们下载得到四个NAFLD队列和肝癌的芯片数据。随后,我们将两个疾病
背景:心血管疾病是50.54%的2型糖尿病患者死亡原因。既往研究表明,高达71%的2型糖尿病（T2DM）患者存在左心室肥厚（LVH）。而LVH是心血管疾病（例如心房颤动、心肌梗死等）的早期独立预测因子。有研究表明白蛋白尿可增加肾功能不全的2型糖尿病患者LVH的风险。然而也有研究表明白蛋白尿与LVH风险并没有明显关联。那么在肾功能未严重受损的情况下,白蛋白尿是否与T2DM患者LVH有关,目前无统一结
研究背景高胆固醇血症是动脉粥样硬化性心脏病的主要危险因素之一,其发生与日常饮食密切相关。随着人们近些年来生活方式的改变和饮食种类丰富化,高胆固醇血症患者的数量也随之增多,由此导致的动脉粥样硬化性心血管疾病发病率也逐年升高,并有年轻化趋势。因此,研究食物中天然存在的降胆固醇物质的作用并阐明其分子机制对防治高胆固醇血症以及相关心血管类疾病有着重要的科学意义。番茄红素作为一种天然植物化学物质,广泛存在于
研究目的基于颈部淋巴结磁共振成像（magnetic resonance imaging,MRI）影像组学分析 LANPC（locally advanced nasopharyngeal carcinoma,LANPC）患者对诱导化疗的敏感情况及构建诱导化疗疗效预测模型,指导LANPC个体化治疗。研究方法根据纳入和排除标准,回顾性收集2018年6月至2020年12月72例初始治疗时确诊为LANPC患
乙型肝炎是肝细胞受乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）持续损伤而导致的一种慢性疾病,慢性肝炎往往导致严重的结果如肝硬化、肝癌。有数据表明超过80%的肝癌患者来自亚洲和非洲国家,而中国的肝癌患者占50%以上。肝细胞癌是最常见的恶性肿瘤之一,占原发性肝癌的85%～90%。肝癌每年导致近70万人死亡,其中一半发生在中国,这一主要原因是由HBV感染造成的。长链非编码RNA（Long
医学影像报告作为电子健康记录的一部分,包含了患者大量的健康信息,然而报告中大多是自由文本,内容质量取决于医生的主观判断和经验。医学文本结构化需要结合医学知识、人工智能、自然语言多方面的技术,对数据挖掘提出了巨大的挑战。本论文在国内外文本结构化的研究基础上,根据鼻咽癌MRI中文报告的特点,对医学实体识别、关系抽取以及结构化方法进行探究,总结出一套可行的鼻咽癌MRI报告结构化方法。本论文的主要工作有以
背景自体免疫胶质纤维酸性蛋白（glial fibrillary acidic protein,GFAP）星形细胞病是中枢神经系统（CNS）常见的自身免疫性疾病。同其它自身免疫性脑炎相似,其主要临床症状和体征有:发热、头痛、不自主运动、脊髓炎、视力异常、共济失调等。主要通过检测脑脊液（CSF）中抗GFAP（一种星形细胞内的中间丝蛋白）免疫球蛋白G（IgG）来诊断,对于血清中GFAP抗体的特异性仍需研