预测并验证HSV-I基因组中的microRNA

来源 :中国协和医科大学 北京协和医学院 中国医学科学院 清华大学医学部 | 被引量 : 0次 | 上传用户:happybaby1314
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microRNA(miRNA),即微小RNA,是一类长约22个核苷酸的小分子非编码RNA,通常与靶基因mRNA的3’UTR发生不完全互补,在转录后水平调节基因的表达。自2000年首次报道以来,对microRNA的研究进展迅速,全世界有很多研究小组致力于研究microRNA在各个物种间的分布情况和它所发挥的重要作用。近几年的研究表明,这是一种高度保守的、广泛存在于植物、动物、病毒中的调节机制,在生长发育、器官的形成、癌症的发生和病毒感染等过程中扮演重要的角色。microRNA的发现是对经典的遗传学法则的重要补充。HSV-I(herpes simplex virus 1)是一个有包膜的双链DNA病毒,具有庞大的基因组,目前已知的编码蛋白有84个,分为α、β、γ三类,基因表达的调控极为复杂,很多基因的功能以及调控过程仍不清楚。HSV-I在原发感染之后不能被宿主免疫系统彻底清除,会终生潜伏在宿主的神经节细胞内,一定状态下被重新激活,对机体造成损伤。目前的研究结果仍不能很好地解释这种特殊的感染-潜伏-再激活的感染过程。本课题的目的是预测并验证HSV-I基因组中新的micmRNA,进而研究它在HSV-I基因表达调控中的作用。利用生物信息学的方法,依据一定的条件,我们确定了HSV-I基因组中可能编码microRNA的27个茎环结构,其中有4个在microRNA序列比对和预测软件miRBase∷Sequences中显示出较高的得分且在Herpes病毒家族中较为保守。提取HSV-I感染的细胞small RNA后,经Northern blot分析,结果显示,α基因ICP0的内含子区编码一个新的microRNA—mihsv-2。在对其功能进行了初步的分析后,认为mihsv-2很可能影响人的基因Kelch like-24的表达。本实验尝试从新的角度研究HSV-I基因表达的调控机制,希望为今后的研究提供有用的线索。
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