由于捕捞压力和环境污染的愈加严重，我国渔业资源普遍衰退。20世纪50年代末，我国开始启动增殖放流以达到恢复渔业资源量的目的。多年实践证明，增殖放流可直接有效地恢复渔业资源量。但从某种意义上讲，我国增殖放流的快速发展是建立在扩大规模的粗放式基础上，很大程度上缺乏科学指导。较为突出的两个问题是放流苗种遗传质量监测方法缺失和放流个体准确识别困难。本研究以南海区重要的增殖放流品种——黑棘鲷（Acanthopagrus schlegelii）和红鳍笛鲷（Lutjanus erythopterus）为例，开发微卫星分子标记并精选组成“分子标记组”；从遗传分歧度、遗传多样性水平、近交程度、遗传信息保持能力四方面对比了放流苗种与自然群体，对苗种的遗传质量进行了分析；使用亲缘分析技术，建立了黑棘鲷放流个体分子判别方法，并在放流实践中对方法进行了应用。　　本研究分三个部分，一是黑棘鲷和红鳍笛鲷“分子标记组”的建立；二是黑棘鲷和红鳍笛鲷放流苗种群体遗传质量监测方法的建立；三是黑棘鲷放流个体分子判别方法的建立和应用。　　（一）分子标记组的建立　　使用“高通量测序法”共获得黑棘鲷微卫星序列9125条，设计 PCR引物180对。使用一个黑棘鲷野生群体（N=48）对引物进行筛选，最终获黑棘鲷微卫星标记46个。根据遗传学属性从上述46个微卫星标记中精选出13个标记，组成“分子标记组”。此标记组等位基因数（A）均值为9.31，表观杂合度（HO）均值为0.732，期望杂合度（HE）均值为0.747，全部符合“哈迪-温伯格”平衡预期，各标记间无连锁不平衡现象。　　从前期开发的红鳍笛鲷微卫星标记中精选出11个标记，组成“分子标记组”。此标记组A均值为8，HO均值为0.746，HE均值为0.789，全部符合“哈迪-温伯格”平衡预期，各位点之间不存在连锁不平衡现象。　　上述结果表明，两个标记组均表现出高度多态性，能够为苗种遗传质量监测和放流个体识别提供充足的遗传统计力。　　（二）放流苗种遗传质量监测方法的建立　　分别使用黑棘鲷、红鳍笛鲷“分子标记组”对两物种的自然群体与苗种群体进行等位基因分型，从遗传分歧度、遗传多样性水平、近交程度、遗传信息保持能力四方面对比了放流苗种与自然群体，对苗种群体的遗传质量进行了分析。结果，黑棘鲷和红鳍笛鲷苗种群体和自然群体间均存在微弱遗传分歧（黑棘鲷FST=0.0247，红鳍笛鲷FST=0.0161）；黑棘鲷和红鳍笛鲷放流苗种群体的遗传多样性水平和有效种群大小皆低于自然群体，其近交系数（F）均值与FIS均大于自然群体。　　综上，本研究采集的黑棘鲷和红鳍笛鲷苗种的遗传素质皆低于自然群体，不满足增殖放流要求。有效种群大小偏差率（黑棘鲷偏差率-77.85％，红鳍笛鲷偏差率-35.34%）最高，是黑棘鲷和红鳍笛鲷苗种最突出的遗传质量缺陷。　　（三）放流个体分子判别方法的建立与应用　　使用“分子标记组”对102尾黑棘鲷亲本进行等位基因分型，将分型数据输入Cervus软件进行模拟识别，证明此标记组具有充足的判别能力，确定LOD决断值为5.46。对102尾黑棘鲷亲本隔离催产，将幼鱼培养到放流规格。于大亚湾放流黑棘鲷25万尾，放流半年后开始回捕，三个月共回捕黑棘鲷240尾。使用LOD决断值判别出7尾放流个体，资源贡献率为2.92%，表明本次放流对自然资源的补充效果有限。