同步共检PEDV,TGEV,GAR和PDCoV的可视化酶促寡核苷酸共检芯片的构建及应用

来源 :四川农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:armstronger7026
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猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪轮状病毒A型(Group A rota virus,GAR)以及猪delta冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV)是引起仔猪病毒性腹泻的主要病原,这四种仔猪腹泻病在临床表现非常相似,难以鉴别诊断。本研究针对PEDV、TGEV、GAR以及PDCoV四种腹泻病毒,将酶促反应显色技术、不对称PCR单链扩增技术和基因芯片技术相结合,构建一套PEDV-TGEV-G AR-PDCoV可视化酶促寡核苷酸共检基因芯片技术,进行了初步临床应用评价研究。研究结果结果显示,各目的基因的不对称PCR上下游引物最佳浓度比分别为:PEDV-S:1:20;PEDV-M:1:10;TGEV-S:1:20;TGEV-N:1:20;GAR-VP7:1:10;GAR-NSP4:1:10;PDCoV-M:1:10;PDCoV-N:1:20,此时目的片段的单链产物量最多。确定了芯片检测的操作程序为:在50℃环境中杂交90 min后,进行洗涤。与2000倍稀释的链霉亲和素标记的辣根过氧化物酶酶联后用DAB显色液显色后进行结果判读。本研究根据阳性对照生成棕褐色斑点,空白对照无斑点生成,确定了芯片检测质量与结果判定标准。该可视化共检芯片特异性好,PEDV、TGEV、GAR以及P DCoV的单独检测及混合检测杂交结果均呈阳性,CSFV、PRRSV、PCV2、JEV及FMDV杂交结果呈阴性,探针之间没有相互干扰;各探针基因的灵敏性均可达10p g/μl(2.83×10~6copies/μl);芯片在保存180天后仍可进行有效检测。研究应用所构建的芯片对四川、重庆地区的200份临床送检样本进行了检测。本研究成功构建了一套能高通量检测四种仔猪腹泻疾病的酶促可视化基因芯片,该方法特异性强,灵敏度高,为临床鉴别仔猪腹泻类疾病提供了一种新的方法。
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