随着轨道交通的大量建设，其施工过程中的安全问题逐渐暴露，第三方监测以其特有的独立性和公正性成为轨道交通施工期安全的重要保证。将项目管理方法及技术合理有效地应用于其第三方监测项目中，能有效提高工作效率、切实规范工作质量、良好控制工程进度。第三方监测项目中，监测项目种类多、技术要求高、监测工点繁杂，目前采取的单一项目经理制度的管理方法，已不能满足实际项目的需求。为克服现有轨道交通施工期第三方监测项目中频繁出现的项目管理混乱、监测成果质量控制松懈、工作效率低下、资源配置不合理等问题，本文在调研现有工作流程和组织管理体系的基础上，分析了职能型、项目型和矩阵型三种项目组织结构模型各自的优劣势，结合第三方监测项目特点，选取了项目型组织结构模型，并将其在实际项目中开展深入应用，通过从质量、进度、人员、成本、风险等方面进行控制，最终实现第三方监测高效率管理和高质量控制。在轨道交通施工期第三方监测组织管理研究的基础上，围绕重庆轨道交通六号线二期北延伸段第三方变形监测工程，开展了实际工程应用。通过分析现有项目管理体系中的实际问题，在项目经理和监测小组之间建立了“项目负责人”这个关键性的结构体，架设了承上启下的桥接作用，既从技术和管理角度约束了监测小组的日常工作，又为项目经理全局把控项目提供了关键信息和工作支持，有效地提高了实际的工程管理效率，时间、进度、人员、安全及风险被平衡有序的组织起来，取得了良好的项目管理效果。本文研究及实际工程应用效果表明，项目型组织结构的选用，改进了项目实施过程的现状，解决了实际问题，取得了显著的效果，充分调动了项目成员的工作积极性，提高了生产效率，保证了监测质量，使得企业获得了利益最大化，在轨道交通施工期第三方监测中具有一定的推广价值。