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细菌小RNA(smallRNAs，sRNAs)不同于传统认识的tRNA、mRNA和rRNA，是一类主要位于基因间区，长度介于50-500nt之间，作为转录后调节因子执行多种功能的RNA分子。这类RNA分子广泛分布于各种细菌中，通过碱基互补的形式与靶标mRNA结合而调控mRNA的稳定性和（或）翻译，并因此影响细菌的环境应答、毒力调节等生命活动。目前，细菌小RNA的鉴定和功能研究已受到广泛关注，但系统鉴定的较少，特别是在植物病原菌中。本研究运用直接测序法对植物病原菌十字花科黑腐病菌(Xanthomonascampestrispv.campestris，简称Xcc)8004菌株的小RNA进行了系统鉴定，并在不同条件检验了小RNA的表达情况。
首先，我们将Xcc8004和8004△hrpG在MMX培养基中培养至对数生长期，用酸酚法提取总RNA，直接送去华大基因公司进行Solexa测序。根据测序结果，我们对Xcc8004和8004△hrpG50-500nt的RNA进行了转录谱分析。结果显示：Xcc8004的Solexareads数为10105194，其中1396247(13.8％)对上基因区，8708947(86.2％)对上基因间区；8004△hrpG的Solexareads数为12471847，其中1581015(12.7％)对上基因区，10890832(87.3％)对上基因间区。我们从获得的转录谱筛选出大量的候选小RNA，并依次进行验证。
本研究从所有候选小RNA中选出5个进行northern杂交验证，结果显示，有两个候选小RNA出现清晰的大小位于100-200nt之间的杂交主带，与转录谱的长度吻合，证明这两个是真正的小RNA，命名为sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6。接着，我们运用在线软件sFold和sRNATarget对sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6进行二级结构和靶标的预测，共获得329个sRNA-Xcc5的候选靶标，其中有25个是已知的致病基因；900个sRNA-Xcc6的候选靶标，有62个是已知的致病基因，表明sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6可能与Xcc的致病性相关。
为了检测sR.NA-Xcc5和sRNA-Xcc6在不同条件下的表达，我们在不同培养条件、不同pH胁迫、不同生长时期进行了检验。结果显示，8004WT和DM2515中小RNA在不同的NYG、XVM2和MMX的培养基中进行培养至对数期，sRNA-Xcc5只在MMX培养时表达，在NYG、XVM2培养时不表达；sRNA-Xcc6在各种培养基中均表达，但在MMX中表达量最高，说明sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6的表达受培养条件的影响，且在此条件下，hfq蛋白不参与两个小RNA的表达。在不同pH胁迫的条件下，pH=5.5时sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6的表达丰度最大；在pH=6.5时，两个小RNA均表达，但表达丰度比正常值(pH=6.0)时低；pH=8.5时，sRNA-Xcc5不表达，sRNA-Xcc6仍能表达，但丰度低于正常值。在不同生长时期，sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6在8004野生型、hfq蛋白缺失时及hrpG缺失时均能表达，且表达差异不大，说明在此条件下sRNA-Xcc5和sRNA-Xcc6的表达不受生长时期的影响，不依赖于hfq蛋白，且不受hrpG的调控，与Xcc的三型分泌系统关联性不大。
综上所述，我们用Solexa测序对Xcc8004的小RNA进行了系统鉴定，率先获得两个小RNA，并对这两个小RNA在不同条件下的表达进行了检测，为在全基因组范围内鉴定Xcc8004的小RNA拉开了序幕。