在知识经济的时代，由于全球科技、经济的飞速发展，加速了知识产权在世界各国的扩张，知识产权作为一个企业乃至国家提高核心竞争力的战略资源其重要性无需赘述。中国作为发展中国家，正面临着知识产权保护的严峻挑战，选择和构建什么样的知识产权保护制度是我国知识产权保护实践过程中必须要面对的问题。与发达国家知识产权保护基本采取以司法保护为主的模式不同，我国在知识产权保护制度建立之初，选择了“两条途径、并行运作、优势互补、司法终局”的知识产权司法保护和行政保护的双轨模式，这是我国知识产权保护工作体系的一大特色，也是非常务实有效的模式。在我国知识产权保护实践中行政保护与司法保护是知识产权保护不可分割的重要组成部分，双轨制的保护模式在我国的存在以及发展符合我国的基本国情，也是知识产权自身特性的要求。经过长时间的发展，我国行政执法与司法衔接的各项制度己初步建立，衔接工作机制逐步完善。但在实践中，我国知识产权保护“双轨制”依然存在一些问题，例如：知识产权行政保护与司法保护的冲突，行政救济和司法救济之间缺乏协调配合，行政保护滥用，行政执法部门和司法机关在处理知识产权案件过程中的衔接等问题，这些问题严重困扰着行政执法部门和司法机关而无法得到解决，问题的存在不但造成行政和司法资源的浪费，也不利于知识产权人权利的保护，甚至严重制约并影响着我国知识产权战略的实施。因此，本文以知识产权保护“双轨制”为研究对象，拟在文献研究的基础上，通过比较研究、综合分析等方法探讨我国知识产权保护“双轨制”存在的问题，运用理论与实践相结合、国内外经验相比较的研究法，对我国知识产权保护“双轨制”进行一次系统的、全方位的分析阐述，探究知识产权保护“双轨制”存在的问题，进而探讨知识产权保护“双轨制”的合理性，为有效地建立具有可操作性的知识产权保护执法协作机制提出一些有现实意义的对策和建议，从而不断完善我国知识产权保护“双轨制”，使知识产权执法工作最终能够真正发挥知识产权保护作用。