目的:研究中国110例男性特发性低促性腺激素性性腺功能减退症（idiopathic hypogonadotropic hypogonadism,IHH）患者的临床特征,分析基因型与疗效之间的关联,利用体外功能试验研究CHL1基因与PAX6基因是否是IHH疾病的新致病基因。方法:结合前期已发表（Zhou C,et al.Fertil Steril.2018）的靶基因测序结果,关联110例男性IHH患者的疗效,采用统计学方法对比携带不同基因突变的患者疗效是否存在差异。运用高通量测序和生信分析,目的是筛选可疑的致病基因,构建CHL1和PAX6相关的si RNA和真核表达载体（野生型和突变型）,GN11细胞是良好的Gn RH神经元细胞迁移模型,通过转染上述基因产物,观察GN11细胞活性和迁移能力,以及下游信号通路的改变。结果:110例男性IHH患者接受人绒毛膜促性腺激素治疗后,94.55%患者的睾酮水平提升,54.55%的患者精液中出现精子。与睾酮异常相关的基因罕见序列变异（rare sequencing variants,RSVs）包括PLXNB1,ROBO3,LHB,NRP2,CHD7,PLXNA1 RSVs。研究发现30%的患者携带致病/可疑致病RSVs,这部分携带致病/可疑致病RSVs的患者的生精时间相比非携带者明显延长,其中相关性最显著的RSV是PROKR2 RSVs。在一个卡尔曼综合征的家系中,通过全外显子测序发现3个患病成员共同携带CHL1RSV（p.G517E）,体外功能试验结果显示,过表达CHL1蛋白具有促进GN11细胞活性和迁移的功能,具体的机制包括调控ERK1/2激活、钙离子加载和RIPK3/MLKL转录,与之相反,CHL1 RSV影响了原本CHL1蛋白的正向调节功能。另外,在3例IHH散发男性患者中,通过靶基因panel测序,发现这3例患者共同携带PAX6 RSVs,其中携带无义突变（nonsense mutation）的患者伴随虹膜发育不全和眼震颤等表型。体外功能试验证实,过表达PAX6蛋白可促进GN11细胞的迁移,而PAX6 RSVs不仅影响PAX6的正常表达和核定位功能,还通过下调FOSB/SEMA3A/ERK1/2信号通路抑制GN11细胞的迁移。结论:本研究证实了多种基因RSVs与IHH患者hCG治疗后疗效不佳的相关性,进一步提示携带致病/可疑致病PROKR2 RSVs的患者生精功能恢复较差,建议这一类基因型的患者在选择治疗方案时,优先选择促性腺激素治疗方案,或者皮下脉冲式注射GnRH治疗方案。除此之外,本研究拓展了中国IHH候选基因谱,研究了CHL1基因和PAX6基因在IHH发病机制中的作用,进一步阐明了对Gn RH神经元网络的调控机制,为IHH的基因诊断和临床IHH的个体化治疗提供了有力的参考证据。