如何监测与评价多种生态胁迫对河流水环境造成的累计效应，是当前国际上河流研究的热点和难点问题之一。对漓江流域面临的水生态与水环境问题，无论是漓江断流、生态退化、湖泊萎缩、湿地干涸、水质恶化等现象，还是水利工程对环境造成的负面影响等，都是多种生态胁迫对漓江水环境造成的累计效应。河流生物监测的直接性、综合性、朔原性等优点，使得监测河流生态系统中的生物群落能更方便和更科学获取河流生态系统的健康状况。本文结合国家自然科学基金资助项目(30870345)、国家公益性专项科技项目(200801051)等纵向课题，主要取得了以下主要创新性成果：　　 一、通过2006年～2008年对漓江进行的第三次水生生物自然资源调查，具备了漓江30年的长系列本底资源调查资料。　　 二、首次基于漓江大型底栖无脊椎动物建立了适合漓江的生物完整性指数(B—IBI)，进而评价漓江流域内水质的健康状况。首先，调查了漓江水系17个参照点和14个监测点的水化学与底栖无脊椎动物状况。其次，通过对46个候选生物指数的计算和逐步分析，确定了构成底栖动物完整性B—IBI指数的4个生物指数，初步确立了B—IBI健康评价标准。评价结果表明漓江上游及各支流健康状况较好，大部分为健康；中下游干流健康状况较差。　　 三、首次对漓江流域31个样点的12个环境因子和底栖动物群落结构参数分别进行因子分析和Spearman相关性分析。另外，运用RIVPACS类河流健康评价模型工具，利用漓江中上游22个参照点和6个监测点的底栖动物和环境数据，首次建立了漓江水生态系统健康的生物评价评价模型。　　 四、以漓江流域为示范区，首次应用硅藻生物技术对漓江生态状况进行了评估，比较了硅藻IBD，IPS指数与我国现有河流物化监测的差异性。水质物化评价显示漓江为III类及优于III类以上水体，硅藻IPS和IBD评价表明漓江为中等及中等以上水体。硅藻生态类群组成显示，9月较3月耐中污染和强污染种群、异养硅藻、喜好低氧硅藻类群明显增加。　　 五、利用重力采样器在桂林会仙岩溶湿地狮子潭进行柱状沉积岩芯采集，通过沉积物中摇蚊种群组合特征的分析，取得了该地区的生态演化历史数据和一些开创性的重要结论：1、2004年是桂林会仙湿地的狮子潭的转折点，经历了自贫营养水平变化到富营养水平又到贫营养化的过程，这可能是2004年后由于某些有毒有害物质的进入或其他因素的影响，导致水生态系统结构发生了明显的改变。3、1863—1872年左右，狮子潭曾有过富营养化的历史，意味着现代湿地的营养水平可通过人工生态修复过程回至贫营养或者中营养的状态。同时，对桂林会仙岩溶湿地进行了全面的科学考察，利用遥感技术和地质年代学的分析方法分析讨论了湿地的历史演化及退化原因。　　 六、从桂林会仙岩溶湿地寺湖近450年来和狮子潭近200年来的环境演化记录分析(利用湖底沉积物)，结果表明：狮子潭经历了公元1810年以前的沼泽化过程而后又演化成湖泊沉积环境；寺湖在近450年来一直为湖相沉积，但经历了小冰期中的多次冷暖和干湿的气候波动。　　 七、阐述了由水文、生境、水化学和生物等4个方面的指标构成漓江流域水生态系统健康监测和评价指标构成的一般原则。　　 最后，论文对河流水生生物监测的前景进行了展望，并指出了下一步需要继续研究的课题。