当前，中国农业和农村经济发展进入了一个新的历史阶段，农产品供给从过去的长期短缺转为总量的基本平衡，部分农村生产能力过剩，农产品结构性过剩、区域性过剩和阶段性过剩。“三农问题”成为困扰中国经济发展主要问题之一。新的形势下，发展农产品加工业是加速农业和农村经济发展，促进农业产业结构调整，增加农民收入的重要突破口。但目前中国农产品加工能力低下，与人们日益丰富的消费需求和平衡农产品供求的现实要求之间存在矛盾。中国农产品加工业不仅远远落后于世界发达国家水平，农产品国际市场竞争力低下而且滞后于自身产业发展需要，制约了中国由农业大国向农业强国的转变。在这种背景下，本文运用产业组织结构理论、创新理论和自组织理论对中国农产品加工业进行研究，以期获得有益的研究成果，为中国农产品加工业快速、健康、持续发展提供理论和政策依据。同时，本文的课题需求来源于国家“十五”重点科技攻关计划项目：“农产品深加工技术与设备研究开发”(项目标号为：2001BA501A17)。 本文分析了中国农产品加工业发展的阶段特征、区域特征和产业组织结构特征，探讨了目前中国农产品加工业与农业的关联关系。为寻求中国农产品加工业发展的制约因素，对产业发展的动力机制进行了详细分析，引入相关模型进行了计算，并通过与国外农产品加工业发展的对比，运用定量和定性相结合的研究方法，找出制约中国农产品加工业发展的深层次原因，主要是技术创新能力弱，缺乏统一组织规划，没有总体发展思路，发展重点不突出。 本文针对中国农产品加工业技术创新能力弱的瓶颈，融合系统理论建立具有自组织机制的农产品加工业产业创新系统模型，借助动力学模型和自组织理论阐明了农产品加工业产业创新系统的各组成部分协同互动，使系统稳定、有序、动态发展的方式，明确产业创新系统各要素协调发展的重要意义。根据目前中国农产品加工业发展的现状，提出了农产品加工业产业创新系统的复合多主体模型和农产品加工业产业创新系统的客体。本文认为，构建并通过农产品加工产业创新系统的运作，可有效刺激农产品加工业的产业创新需求，提高农产品加工业的产业创新能力。 针对中国农产品加工业发展缺乏统一组织规划和发展重点不突出的瓶颈，文中对中国农产品加工业的内外部因素、面临的机遇和挑战进行了战略分析和选择，提出了中国农产品加工业利用后发优势，实现跨越式发展的战略—非均衡梯度战略。具体落实为三位一体梯度战略体系，即农产品加工业技术跨越战略点突破、加工业产业链的梯度重构、农产品加工业的区域非均衡梯度布局。初步构建了实现中国农产品加工业发展的支撑保障体系，有针对性的从政府政策体系，多元化金融支持体系，科技和人才培养体系，中介服务体系，质量监督控制体系和加工信息保障体系等六个方面，建立了中国农产品加工业跨越式发展的支撑保障体系结构，这也是实现中国农产品加工业跨越式发展的重要一环。 本文的创新主要包括以下5个方面：(1)视角上的创新。本文关注并研究目前具有重要战略意义的农产品加工产业，率先从一个产业角度系统地完整地审视中国农产品加工业的发展问题。(2)分析证实了农产品加工业发展的2个关键制约因素。结合实证与规范研究，以计量经济学作为实证研究手段，系统分析归纳总结出制约中国农产品加工业发展的主要影响因素，其中技术创新能力弱和组织管理水平低是关键。(3)构建了农产品加工业产业创新系统。融合系统科学理论构建了具有自组织机制的中国农产品加工业产业创新系统模型，借助动力学模型和协同学理论阐明了农产品加工业产业创新系统的各部分协同互动，使系统稳定、有序、动态发展的方式，明确系统要素协调发展的意义。 (4)根据目前中国农产品加工业发展的现状，提出了农产品加工业产业创新系统运行的复合主体模型。(5)提出了非均衡梯度战略。在理论和实证分析的基础上提出了中国农产品加工业实现跨越式发展的战略—非均衡梯度战略，并落实为三位一体梯度战略体系，分别是农产品加工业技术跨越战略—点突破，产业链的梯度重构，农产品加工业的区域非均衡梯度布局。