基于核基因的山雀科鸟类分子系统发育的研究

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基于郑作新以形态学和生态学为基础建立的传统分类系统,山雀科(Paridae)隶属于雀形目(Passeriformes),全世界上约有4属55种,我国现已记录的山雀科鸟类有4属21种,约占全世界总数的38%。郑光美等在参考近年来国际上鸟类学研究进展的基础上,将山雀科鸟类的中国分布种修订为3属19种,山雀属17种,林雀属、冕雀属各一种,长尾山雀属则独立为长尾山雀科(Aegithalidae)。通过DNA杂交技术对鸟类的系统发育和亲缘关系进行的研究,也提出将长尾山雀另置一科,而把攀雀和山雀置于同一山雀科。这些研究都没有解决山雀科的系统发育问题,却发现了不少新的问题。   本文采用分子系统学方法对山雀科的系统发育进行研究。基于线粒体基因作为分子标记应用于鸟类系统发育研究已经有很多报道,而利用核基因,尤其是内含子作为分子标记的则更少。有研究表明核基因的内含子有相对较快的进化速度,能够为研究系统发育提供足够的信息位点。基于上述原因,本文以核基因组的B-纤维蛋白原基因内含子7(7 intronofβ-fibrinogen,简称FIB)和肌红蛋白基因内含子Ⅱ(Myogbbin intronⅡ,简称Myo)共1579bp的序列作为联合分子标记,对国内分布的山雀科4属17种鸟类FIB基因和Myo基因序列的组成及其特点进行了测序和分析。以长尾雀(Uragus sibiricus)为外群,分别构建了单基因数据的NJ树、ML树和Bayesian树,并对基系统发育树进行了比较,在此基础上初步分析了山雀科鸟类之间的系统发育关系,旨在为解决山雀科分类中的争议提供上分子生物学依据。   本人得到以下结论:   1、从测得的山雀科19种鸟类的两个内含子序列得知,序列的变异位点为418个、简约信息位点203个、保守位点1152个。Myo序列(含外群)的碱基平均含量分别为26.1%(T)、22.0%(C)、28.8%(A)、23.1%(G),平均嘌呤含量(51.9%)高于嘧啶含量(48.1%)。另外其序列组成还表现高的AT含量(54.9%)特征。FIB序列(含外群)的碱基平均含量分别为31.7%(T)、16.8%(C)、33.1%(A)、18.4%(G),平均嘌呤含量(51.5%)略高于嘧啶含量(48.5%)。其序列组成还表现非常高的AT含量(64.8%)特征。   2、19种山雀科鸟类(含外群)的FIB和Myo基因碱基转换/颠换(R)的值分别为1.88和2.49。转换值明显高于颠换值,转换和颠换仍然有明显上升趋势。说明这两个序列的转换和颠换没有达到饱和。对数据组分别进行树长分布分析和PTP检验,两者均显示数据组包含较强的系统发育信号。   3、地山雀在分别基于两个核基因做系统发育分析时,得出了不同的拓扑结构:基于FIB分析是地山雀与黄颊山雀聚为一支,与黄颊山雀亲缘关系最近;基于Myo分析到的系统树则与大山雀关系较近。而基于两个基因联合分析结果与FIB基本一致。   4、本文引入的攀雀科的中华攀雀一起进行序列分析和建树,说明了攀雀科与山雀类的亲缘关系要比长尾山雀类与山雀类要近得多。由此强烈支持将长尾山雀属移出山雀科并且另立长尾山雀科和将攀雀归入山雀科的观点。
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