T淋巴细胞白血病相关新基因J441的发现及功能的初步研究

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目的:对Jurkat细胞进行高通量测序,发现并鉴定T淋巴细胞白血病相关新基因J441。通过构建慢病毒表达载体,和检测J441基因在T淋巴细胞白血病临床标本、恶性肿瘤细胞及肿瘤组织中的特异性分布,初步探讨J441基因的表达、细胞定位和功能。以人类基因组数据库为基础,进行生物信息学分析,为进一步研究J441基因的功能提供理论基础。方法:1.通过高通量测序,采用Illumina HiSeqTM2000测序仪,对人急性T淋巴细胞白血病Jurkat细胞进行全转录组深度测序,运用生物信息学方法与人类基因组数据库对比分析发现新的转录本,对新转录本序列和结构进行分析,筛选出新基因J441。2.PCR鉴定Jurkat细胞系中新基因J441的表达。3.引物上引入FLAG标签,实时定量聚合酶链反应RT-PCR)从T淋巴细胞白血病细胞系Jurkat细胞中钓取J441的ORF(open reading frame)片段,形成J441-FLAG融合基因,并将之克隆到带GFP (green fluorescent protein)荧光报告基因的慢病毒表达载体质粒pHAGE-CMV-MCS-IzsGreen中构建慢病毒表达载体(含绿色荧光蛋白表达序列)。4.免疫组织化学(含免疫荧光)方法检测新基因J441在T淋巴细胞白血病临床标本、恶性肿瘤组织、细胞和正常组织的表达。5.重组慢病毒感染293T细胞和宿主Jurkat细胞。观察荧光及测序鉴定293T细胞中J441的表达,细胞免疫荧光检测293T细胞中FLAG的表达及亚细胞定位。6.使用各种软件及数据库对J441进行生物信息学预测和分析。结果:1.J441是一个定位于人类19号染色体的新基因,该基因编码的蛋白产物TLAP蛋白由183个氨基酸组成,蛋白分子式为C897H1287N251O271S6,等电点为6.51,分子量为20215.76。TLAP蛋白280nm波长时消光系数为52940。体外哺乳动物的网织红细胞内,TLAP蛋白的半衰期是30h;酵母菌内,TLAP蛋白的半衰期大于20h;大肠杆菌内,TLAP蛋白的半衰期大于10h。应用IntrProScean分析软件得到TLAP含有7个可能的蛋白功能域。2.核酸序列测序证实成功构建了含J441-FLAG基因的重组慢病毒表达载体,病毒滴度为5×107 ifu/ml。重组慢病毒感染293T细胞可以检测到J441与FLAG标签融合基因的表达,初步预测J441在胞浆中表达。3.免疫组化验证TLAP蛋白在人急性T淋巴细胞白血病Jurkat细胞、Clone E6-1细胞、HL60细胞、人宫颈癌组织、人横纹肌肉瘤组织、人鼻腔-T细胞淋巴瘤组织、人肝癌组织、人胰腺转移癌组织中高表达;而J441基因rnRNA及编码蛋白TLAP在人正常组织中低表达或不表达。结论:新基因J441在恶性肿瘤细胞和肿瘤组织中高表达。生物信息学分析为进一步进行新基因J441的功能研究奠定了基础。成功构建J441-FLAG融合基因慢病毒表达载体,为进一步研究J441基因的相关功能提供了稳定转染载体,为揭示J441基因在T淋巴细胞白血病的发生发展过程中的重要作用奠定基础。由对新蛋白质的探索得它的细胞定位可能位于胞浆,功能可能与肿瘤发生有关。
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