本文用政策工具理论框架（工具理性的实现、价值理性的渗透、制度理性的强调）对改革开放之前政府的教育统治和始于1979年的民办高等教育组织参与教育治理案例进行了分析，以此解释教育中介组织与政府合作治理关系的变迁，其体现方式就是政策工具的替换和政策的变迁。将上述合作治理关系进行历史分析，大致可以得出三个发展阶段：毛时代的集中化统治、转型时期的多样化治理和入世以后的结构化治理，这个发展路径正是沿袭着管理主义思想的递进轨迹展示出“集中—多元—结构”的治理方式改变。选择合适的政策工具有助于提高政府治理效率，并在不同时期语境下满足政治精英和公民等利益集团的利益诉求，避免政治文化、政治观点和相应功能的冲突。此外，制度的设计可以约束权力，规范行为和巩固合法性。制度的理性将工具理性和价值理性二者联系起来，并对行动者的行为进行制度化构建。文章将政策工具理论的应用拓展到非政府组织（NGO）研究领域，一方面为构建NGO与政府良性互动关系提供了解释框架，另一方面为选择合适的教育政策工具做出了理论方面的贡献。