随着全球经济一体化程度的飞速发展,各国对贸易便利化的期望和要求越来越高,简捷的贸易手续和高效的贸易制度是各国政府一直以来努力的方向。在贸易便利化过程中，海关作为进出境贸易活动的重要管理部门，在促进货物自由流通、加强全球贸易安全、增进社会经济发展方面一直处于重要地位。改革开放以来，为适应贸易便利化的要求，我国海关围绕海关监管职能、管理制度、通关程序等方面进行了一系列海关现代化改革。海关组织机构建设作为上述改革的组织、人力基础和保障，也进行了几次重要的改革。　　本文利用文本解读、文献分析等方法，总结世界贸易组织（WTO）、APEC等世界主要经济体便利化的进展。以新公共管理理论、政府治理理论为支撑，结合新公共管理理论和贸易便利化的三大核心要求：政府放权、高效节约、服务导向，阐述我国海关机构变革的三个价值取向：效率、服务和法治，明确我国海关机构变革目标方向。分析当前我国海关工作面临的环境和贸易便利化对海关机构变革的压力，简要回顾海关机构变革的历史经验，指出我国海关机构变革需完善的方向。借鉴相关国家海关组织机构变革的经验，从海关总署、直属海关、隶属海关三个层面，吸收新公共管理理论的精华，结合深化改革，转变政府职能的要求，根据我国海关深化改革的总体方案，就转变机构设置观念、调整机构设置、完善组织管理制度、落实简政放权、完善综合保障等方面对我国海关机构变革提出政策建议。逐步实现海关组织机构的现代化，提升海关治理能力，全面促进我国贸易便利化进程。