农业科学技术的不断发展,有利于资源利用率、劳动者生产效率的提高,是影响农业产业结构的主要支撑因素。农业科技经费的投入水平能够反映出农业科学技术的发展程度,增加农业科技经费投入是推动我国农业产业结构优化的重要保证。目前,对农业科技经费投入有着与日俱增的需要,对科技经费投入的不断探究将有助于人们有效的进行农业生产,推动优化产业结构优化。本文对我国农业科技经费投入和农业产业结构的发展情况进行了描述,依据相关理论基础,分析了农业科技经费投入对农业产业结构发展的推动作用。基于1989-2014年的时间序列数据构建VAR模型,就我国农业科技经费投入对种植业、林业、畜牧业、渔业的影响进行了脉冲响应分析和方差分解,得出的结论是:随着我国农业科技经费的不断加大,科技对种植业、林业、畜牧业、渔业GDP的增长呈现出明显的推动作用。因此,农业的发展必须通过对科技的大力投入来带动农业快速发展,最终实现农业产业结构的优化升级。