海域使用权征收补偿制度虽然建立已久,但其存在的一系列缺陷导致实践中出现的问题得不到有效的解决。本文对我国海域使用权征收补偿制度做出了分析和探讨,旨在能够有针对性的解决海域使用权征收补偿中存在的问题。本文共分四部分对海域使用权征收补偿中有争议的法律问题进行了探讨。第一部分着重讨论了海域使用权征收补偿的概念、法理依据以及同土地、地上房屋和其他不动产征收补偿的异同,意在能从宏观上把握海域使用权征收补偿制度的全貌。第二部分探讨了海域使用权征收中公共利益的立法模式和界定方法,对现有立法模式和界定方法进行评析,找到适合我国司法制度的立法模式和科学的界定方法,使海域使用权中的公共利益的界定更具有可操作性。第三部分分析了海域使用权征收补偿协议的性质,对现有学说进行了驳斥,提出了征收补偿协议应属于行政合同的观点及其依据。第四部分对完善海域使用权征收补偿的协议的司法救济的路径发表了看法,认为现阶段的征收补偿协议纠纷的诉讼中存在的问题,可以通过改革行政合同的诉讼制度加以解决。希望本文的探讨能对我国海域使用权征收补偿制度的健全有所启发和帮助。