随着我国《企业内部控制基本规范》和《企业内部控制配套指引》的颁布，内部控制审计受到了越来越多的关注。内部控制审计与财务报告审计之间有着千丝万缕的联系。内部控制审计披露的信息是对企业内部控制的有效性的反应，而财务报告审计中包括对企业内部控制的审计，因而内部控制审计必然影响财务报告审计意见。本文围绕“内部控制审计对财务报告审计意见的影响”这一核心问题进行研究。本文试图用规范分析和实证分析相结合的方法研究内部控制审计对财务报告审计意见的影响。首先，对有关内部控制审计及审计意见影响因素的国内外文献进行回顾，并对文献进行分析评述，为下文的理论分析及实证检验奠定基础。其次对委托代理理论、信息理论、知识效应理论进行分析，为研究假设的提出作铺垫，然后选取2011年我国深沪两所A股上市公司为研究样本，通过Logistic回归方法验证内部控制审计对财务报告审计意见产生的影响，研究结果表明：经过内部控制审计的上市公司更容易被出具标准审计意见，连续进行内部控制审计对财务报告审计意见的影响有待于进一步研究，会计师事务所规模对财务报告审计意见的影响也未显现；最后总结本文的研究结论，并从上市公司、会计师事务所、外部监管者三个层面提出相应的政策建议，并分析本文研究的局限性，提出研究展望。