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近几十年来，问题求解环境(PSE，ProblemSolvingEnvironment)一直是人们研究的热点之一。随着人类基因组测序工作的初步完成，生物信息学这一新兴交叉学科得以产生和发展，并成为生物学，计算机科学以及应用数学等多种学科研究的热点。然而，随着传统生物实验数据的快速增长和与蛋白质相互作用网络相关的算法层出不穷，如何高效共享大量的数据和方便的利用各种工具及方法，成为蛋白质相互作用网络研究人员面临的难题。而蛋白质相互作用网络PSE就成为解决这类问题的非常有效的方法，结合蛋白质相互作用网络的具体需求，本文建立了基于WebServices的蛋白质相互作用网络PSE实验系统。
本论文的创新工作主要为以下内容：
在充分了解蛋白质相互作用网络的特点及需求，同时结合PSE的特点，本文建立了基于WebServices的蛋白质相互作用网络PSE。这是目前国内建立较早的蛋白质相互作用网络PSE。基于WebServices的蛋白质相互作用网络PSE为实现资源共享，协同工作，并提供了易用的高性能计算环境。这样就有效解决了用传统方法研究蛋白质相互作用网络时遇到的问题。
本文以蛋白质相互作用网络PSE为研究对象，详细阐述了生物信息学、蛋白质相互作用网络、网格技术及PSE的概念、国内外现状及意义。给出了基于WebServices的蛋白质相互作用网络PSE体系结构、各部分功能等，同时也详细诉述了在构建基于WebServices的蛋白质相互作用网络PSE时所用到的关键技术，包括数据压缩技术、负载均衡技术以及动态链接库技术等。最后，本文通过实验证明了基于WebServices的蛋白质相互作用网络PSE的有效性、实用性。我们的最终目的是认知蛋白质相互作用的意义，预测蛋白质的功能和蛋白质之间的相互作用，并将从相似网络中得到的信息作为进一步研究疾病的参考。