榛子花芽转录组文库的Solexa测序及冷调节基因的表达谱分析

来源 :中国林业科学研究院 | 被引量 : 61次 | 上传用户:zhangshihua11
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
温度是限制植物地理分布和生长发育的主要因素之一,低温会给植物的产量造成巨大的损失。榛子是重要的落叶木本植物,具有极大的经济价值和生态效益,而且与其他木本植物相比具有基因组小、结果早、易于研究的优势,可以作为研究桦木科乃至壳斗目植物代谢过程的模式物种;世界上广泛种植的是欧洲榛,具有果大皮薄等优点但不抗寒,在我国广泛分布的平榛能耐受-48℃的低温,但目前为止公共数据库中还没有榛子抗寒相关的分子生物学信息,本研究以寒冬时期的平榛花芽为试材,采用Solexa高通量测序技术进行转录组分析,从中筛选出大量的冷调节基因,采用RT-PCR技术研究了20个基因对不同低温条件的表达差异,并选择转录因子CBF和功能基因脱水素基因进行初步的功能分析,结果将为以后的榛子抗寒遗传改良提供基因资源,也为进一步了解榛子越冬分子机制奠定基础。主要研究结果如下:1.利用平榛寒冬时期的花芽为材料建立cDNA文库,接着在Illumina上采用Solexa技术进行序列测定,总共进行了13,815,180次读数,共获得有效序列2,030,831,460 nt。序列经组装得到129,912个Contig,53,471个独立的Singleton,进一步拼接后,共获得43,285个Unigene。按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分等3个不同分类角度对被注释的3,890个具有同源性匹配的基因序列进行分类。在具有功能注释的43,285个Unigene中,通过进一步Blastn比对,根据“基因结构相似,功能同源”的原理,在平榛花芽转录组文库中筛选到几十条冷调节相关的Unigene,分别涉及转录、信号转导、抗性、细胞壁代谢、碳代谢、氮代谢、脂肪酸代谢、多胺代谢、渗调物质等功能类别,对其中20个假定的冷调节基因(包括14-3-3、HSP22、GPAT、WCOR413-PM、ADF、bzip78、ICE、CIP、NAC、PHD、ENO、HD、DOF、SPDS、NIR、BADH、BAM、ERD7、KT、SATO)进行全长克隆并设计引物采用荧光定量PCR手段对越冬过程中的四个时间点进行了表达分析,2个基因在冷适应时期(CA)表达量最大,18个基因在寒冬时期(MW)出现最大表达丰度;采用半定量RT-PCR方法研究了20个基因对低温胁迫的响应,转录因子一般出现在低温胁迫后的2-4h之内,功能基因对低温的响应较慢;另外采用半定量RT-PCR方法还研究了20个基因在冷适应时期两种榛属植物平榛和欧洲榛中的表达差异,大部分基因在平榛中表达强度比欧洲榛高。2.适当的内参基因选择是进行基因表达研究的前提,本研究采用半定量RT-PCR方法对ChACTIN、ChMDH、ChUBQ和ChEF1α四个内参基因在冷胁迫条件下和不同器官中的表达进行了研究,结果发现ChACTIN是最稳定的。3.从平榛花芽转录组文库中筛选得到两个CBF基因:CBF1和CBF2,CBF1的最大表达量出现在寒冬时期,CBF2最大表达量出现在冷适应时期,推测两者分别主要参与平榛的抗冻和抗冷,共同完成平榛的越冬过程;CBF1和CBF2分别在4°C处理后8h和4h转录本累积量最大;空间表达结果表明CBF1主要在雄花序中表达,CBF2主要在花芽中表达。CBF2在两种生态型的榛属植物中存在序列多态性,这种氨基酸的突变可能导致转录结合活性的差异。同时pBI121-CBF2-GFP融合蛋白在洋葱表皮细胞中瞬时表达也验证了CBF2的核定位功能。4.通过RACE技术获得两个DHN基因的全长序列,DHN1包含一个长度为339 bp的开放读码框,编码一个含112个氨基酸的蛋白质,5’非翻译区长60 bp,3’非翻译区长98 bp,属于K2S类型DHN,在DHN1基因的3’非编码区域含有97bp的内含子,Genebank注册号:HM228388;DHN2包含一个长度为504bp的开放读码框,编码一个含167个氨基酸的蛋白质,5’非翻译区长41 bp,3’非翻译区长94 bp,该DHN2基因属于Y4SK2类型DHN,扩增基因组的对应区段发现在DHN2基因中间区段含有95bp的内含子序列,GenBank登录号为HM228389。冷激处理后ChDHN2基因表现逐渐地上调表达趋势,24 h达到最大表达量,在种子中高丰度表达。利用基因组步移法获取了两个DHN基因的5’侧翼序列,采用PLANTCARE软件分析顺式作用元件,除了含有胁迫响应元件MYB核心序列、ABRE或MYCR等元件外,DHN1还含有一个CRT低温响应元件。构建原核表达载体pET30(a+)-ChDHN2,在大肠杆菌BL21中表达出约30KDa的融合蛋白,过表达ChDHN2提高了大肠杆菌对低温胁迫的抗性。构建植物正义表达载体PBI121-ChDHN2,利用农杆菌介导转化烟草,低温处理后转基因烟草的冷害症状轻于野生型烟草,转基因烟草细胞电解质外渗较少和MDA累积量较低,这些实验结果说明DHN2的异源表达提高了植物的抗寒性。
其他文献
目的 探讨老年急性心肌梗死应用磺达肝癸钠的抗凝效果.方法 选取2018年1月至2019年1月心内科收治的80例老年急性心肌梗死患者,用计算机随机分为常规组与干预组,各40例.常规组
目的:通过二维超声对颈动脉斑块进行分型并联合测定患者血浆基质金属蛋白酶-9( MMP-9)的水平,探讨MMP-9在缺血性脑梗死患者颈动脉粥样硬化斑块易损性中的诊断价值。方法90例缺血性脑
应对气候变化,发展低碳经济已成为当下全球城市所共同面对的核心议题。城市社区作为人们工作、生活、居住的主要场所,已成为低碳经济实现的重要空间载体和应对全球气候变化的
目的对比瑞芬太尼与芬太尼对老年患者全麻术后认知功能的影响。方法筛选我院2013年1月至2014年10月进行非心脏择期手术患者84例作为研究对象。所有患者均在全麻下进行手术,随
目的:探讨低剂量右美托咪啶对全身麻醉高血压患者血流动力学及麻醉效果的影响。方法选择择期行全身麻醉手术的高血压患者98例,采用随机数表法分为观察组和对照组,每组各49例,两组
针对我国南海核心区域人工扩建的珊瑚砂离岸岛礁,通过实地调查与珊瑚砂取样分析,指出岛礁有机固体废弃物增多且缺乏相应的管理,珊瑚砂土壤质地较差、营养元素匮乏,人工岛礁环
2017年7月份财政部对14号企业会计收入准则在确认、计量和报告等方面做出了较大的修改,此次修订对一些行业的收入、利润等产生了较大的影响,建筑施工企业是这些行业中的重点
<正>我校在2008—2011年"新疆职业学校护理专业技能大赛"中,连续4届获得团体一等奖,参赛的师生选手共获得18个一等奖中的11个。笔者作为指导教师之一,参与了竞赛的全过程,感
肿瘤坏死因子-α(TNF-α)是参与类风湿关节炎(RA)发病和维持关节慢性滑膜炎症反应的最重要的致炎性细胞因子之一。TNF-α可影响滑膜中的各种细胞,如巨噬细胞、滑膜细胞、软骨细胞